Tbx20敲除与野生型E12.5小鼠心脏内皮细胞ATAC-seq
该数据集来自 omicsdi.org，对 Tbx20 敲除与野生型 E12.5 小鼠心脏中 FACS 分选的内皮细胞进行 ATAC-seq，用于鉴定开放染色质区域
基本信息
资源简介
Tbx20敲除与野生型E12.5小鼠心脏内皮细胞ATAC-seq
该数据集为来源于 omicsdi.org 的 ATAC-seq 数据，研究对象为 E12.5 小鼠心脏中经 FACS 分选的内皮细胞，涵盖 Tbx20 敲除与野生型对照两组样本，目的在于鉴定开放染色质区域。数据集在站内归入循环系统疾病 / 其他分类，主题标签为 Transcriptomics。根据源站描述，该数据属于一项关于心内膜 Tbx20 在心脏隔膜形成所需间充质与心肌细胞运动中作用的研究。数据采用 ATAC-seq 技术（Buenrostro 等，2013）对分选细胞进行染色质可及性检测，峰调用使用 HOMER 完成，两个重复分别采用不同的参数设置。整体而言，该数据集可用于比较 Tbx20 敲除与野生型心内膜细胞在开放染色质层面的差异。
【数据集背景】
该数据集围绕 Tbx20 在心内膜中的功能展开。源站描述指出，该数据是一项题为“Endocardial Tbx20 is essential for mesenchymal and myocardial cell movements required for cardiac septation”的研究的一部分，说明其科学背景与心脏隔膜形成过程中间充质细胞和心肌细胞运动相关。研究使用 E12.5 小鼠心脏作为取材时间点，关注心内膜细胞在 Tbx20 敲除与野生型之间的染色质开放状态差异。数据集英文名称明确标注了“ATAC-seq on endocardial cells from E12.5 mouse hearts in Tbx20 knockouts and wild type counterparts”，即对 Tbx20 敲除与野生型对应样本的 E12.5 小鼠心脏内皮细胞进行 ATAC-seq。
【数据内容】
数据内容为 ATAC-seq 检测结果，用于识别 FACS 分选的小鼠内皮细胞中的开放染色质区域。源站描述提到，研究使用 ATAC-seq（Buenrostro 等，2013）鉴定 E12.5 心脏中 FACS 分选小鼠内皮细胞的开放染色质区域。峰调用采用 HOMER 完成，参数为 -gsize 1.87e9 -region -tbp 1；其中重复 1 使用 -fdr 1e-8，重复 2 使用默认参数。样本包含 Tbx20 敲除与野生型对应组，并带有 batch 属性，用于指示因动物注射日期不同而导致的敲除效果差异。主题标签为 Transcriptomics。数据的具体文件格式、样本数量、峰数量等细节源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 omicsdi.org。样本来自 E12.5 小鼠心脏，经 FACS 分选获得内皮细胞。源站描述特别提示，动物在不同日期注射，导致敲除效果存在差异，这一信息体现在样本的 batch 属性中。该数据集属于上述心内膜 Tbx20 研究的组成部分。除来源站与样本取材、分选方式外，关于测序平台、建库细节、动物品系背景等信息源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 Tbx20 敲除对 E12.5 小鼠心脏内皮细胞开放染色质区域的影响，可用于比较敲除组与野生型组之间的染色质可及性差异。由于主题标签为 Transcriptomics，且数据为 ATAC-seq 开放染色质图谱，适合用于染色质可及性相关分析，例如鉴定差异开放区域、结合基因调控研究等。源站描述提及该数据属于心脏隔膜形成相关研究，因此也可作为该研究方向的数据资源。具体分析应用需结合样本的 batch 属性考虑批次效应。其他适用场景源站未提供。
【使用方法】
源站描述提供了峰调用信息：使用 HOMER 进行峰调用，参数为 -gsize 1.87e9 -region -tbp 1，重复 1 采用 -fdr 1e-8，重复 2 采用默认参数。使用该数据时，可参考上述峰调用设置进行复现或比较分析。由于样本带有 batch 属性，且源站说明不同注射日期导致敲除效果不同，分析中应考虑批次因素。关于数据下载方式、文件组织、预处理流程等源站未提供。
【质量与限制】
源站描述指出，动物在不同日期注射，导致敲除效果存在差异，并以样本 batch 属性标示，这是该数据集的重要限制因素，分析时需加以考虑。两个重复采用了不同的峰调用参数（重复 1 为 -fdr 1e-8，重复 2 为默认参数），这一差异也可能影响结果的一致性比较。除此之外，关于数据质量指标、测序深度、重复一致性等信息源站未提供。
【引用与许可】
源站描述引用了 ATAC-seq 方法学文献：Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY, Greenleaf WJ. 2013. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position. Nat Methods 10: 12138。该数据所属研究的标题为“Endocardial Tbx20 is essential for mesenchymal and myocardial cell movements required for cardiac septation”。关于数据集的许可协议与使用条款，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-3972
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们采用ATAC-seq（Buenrostro等，2013）技术，对从E12.5心脏中通过FACS分选得到的小鼠内皮细胞进行开放染色质区域鉴定。请注意，动物在不同日期接受注射，导致基因敲除效果存在差异，这一点在样本的批次属性中有所体现。本数据集是研究“心内膜Tbx20对心脏间隔形成所需间充质和心肌细胞运动至关重要”的一部分。峰（Peaks）通过HOMER软件调用（参数设置：-gsize 1.87e9 -region -tbp 1）。重复样本1采用-fdr 1e-8的标准，重复样本2则使用默认参数。参考文献：Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY, Greenleaf WJ. 2013. 自然方法，10: 12138，关于利用原生染色质转座技术进行开放染色质、DNA结合蛋白及核小体定位的快速灵敏表观基因组分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
