脑实质星形胶质细胞中神经干细胞转录程序的激活

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-9268

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

神经干细胞位于成人大脑的特定微环境中，在整个生命过程中产生新的神经元。这些干细胞是特化的星形胶质细胞，但其他脑区的星形胶质细胞（实质星形胶质细胞）在生理条件下不产生神经元。然而，卒中后，小鼠纹状体中的星形胶质细胞会经历神经发生，这一过程由Notch信号减弱所触发。在实验中，可通过敲除介导Notch信号的转录因子Rbpj来耗竭小鼠体内的Notch信号。本数据集包含从4只小鼠的纹状体（该区域星形胶质细胞在Rbpj敲除后发生神经发生）或躯体感觉皮层（该区域星形胶质细胞在Rbpj敲除后不完成神经发生）分离的星形胶质细胞的单细胞RNA测序数据。细胞分离自Cx30-CreER; R26-tdTomato; Rbpj(fl/fl)小鼠，在他莫昔芬诱导Rbpj敲除后的三个时间点（2、4、8周）取材，以及分离自Rbpj完整的Cx30-CreER; R26-tdTomato小鼠在他莫昔芬处理后3天取材。这些时间点涵盖了从星形胶质细胞经转运扩增细胞向神经母细胞转变的过程。

该数据集包含：1) 来自纹状体的星形胶质细胞，这些细胞在Rbpj缺失后启动神经发生转录程序，并产生过渡扩增细胞和神经母细胞；2) 来自体感皮层的星形胶质细胞，这些细胞在Rbpj缺失后启动神经发生程序，但未能产生过渡扩增细胞或神经母细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。