心脏瓣膜置换术患者胸骨骨髓造血干细胞与巨核细胞单细胞RNA测序样本

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006677

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对接受择期心脏瓣膜置换术个体的胸骨骨髓中驻留的造血干细胞（HSCs）和巨核细胞（MKs）进行单细胞RNA测序。HSCs定义为Lineage-、CD34+、CD38-、CD45RA-、CD90+、CD49f+细胞。MKs为CD41a+、CD42b+，倍性通过Hoechst测定。正中胸骨切开术后立即使用Volkmann勺取胸骨骨髓刮取物。样本收集于含1.8mg/ml EDTA的EDTA Vacutainer管中。加入4mL含10%人血清白蛋白（HSA，Gemini Bio Products）的Dulbecco磷酸盐缓冲盐水（PBS，Sigma），并通过吹打2-3次重悬整个体积。随后将样本置于金属热珠（ThermoFisher Scientific）上，温度保持在0-4°C之间，并运送至剑桥大学进行进一步处理。

为分离HSC，细胞用以下抗体混合物染色：PECy5偶联的抗谱系特异性抗体：CD2（BD）、CD3（BD）、CD10（BD）、CD11b（BD）、CD11c（BD）、CD19（BD）、CD20（BD）、CD56（BD）、生物素化CD42b（Pab5，NHS血液与移植中心，国际血型参考实验室[IBGRL]）、生物素化GP6（Pab5，NHS血液与移植中心，国际血型参考实验室[IBGRL]），并与PECy5偶联的链霉亲和素（Biolegend）联合使用。Alexa Fluor 700偶联的抗CD34（BD）、PerCP-Cy5.5偶联的抗CD38（BD）、Pacific Blue偶联的抗CD45RA（Invitrogen）、PECy7偶联的抗CD90（BD）、PE偶联的抗CD49f（BD）。染色后，细胞在4°C下保存，随后使用FACS Aria Fusion流式分选仪（BD）进行分选。定义为Lineage-、CD34+、CD38-、CD45RA-、CD90+、CD49f+的单个人HSC通过FACS直接分选到96孔板的单个孔中。收集每个单细胞的索引分选数据。为分离MK，细胞用小鼠抗人CD41a APC偶联抗体（BD）对表面MK标志物进行染色。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。