551108a1-c358-4840-84d7-613133e7c476 样本集

该数据集来自 omicsdi.org,属于循环系统疾病分类下的其他类,主题标签为 Genomics。源站描述显示,研究利用单核 RNA 测序刻画了 880,000 个细胞核的转录组,样本来自 18 例对照心脏和 61 例衰竭的非缺血性人类心脏,这些心脏携带 DCM 或 ACM 基因的致病性变异或为特

omicsdi
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基因组分类Genomics
551108a1-c358-4840-84d7-613133e7c476 - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-27

资源简介

551108a1-c358-4840-84d7-613133e7c476 样本集

该数据集来自 omicsdi.org,归入循环系统疾病分类下的“其他”类别,主题标签为 Genomics。其核心内容是一项基于单核 RNA 测序的人心脏转录组研究:研究者刻画了约 880,000 个细胞核的转录组,样本涵盖 18 例对照心脏与 61 例衰竭的非缺血性人类心脏,后者携带扩张型心肌病(DCM)或致心律失常性心肌病(ACM)相关基因的致病性变异,或属于特发性疾病。数据集以基因组学为主题,面向心脏疾病分子机制研究,尤其适合关注非缺血性心力衰竭在细胞核层面转录特征的科研人员使用。整体而言,该数据集提供了较大规模的单核转录组样本集合,可用于对照与疾病心脏之间的比较分析。

【数据集背景】

该数据集所属分类为循环系统疾病下的“其他”类,主题标签为 Genomics,来源站为 omicsdi.org。从源站描述可知,其研究背景聚焦于非缺血性人类衰竭心脏的转录组特征刻画,涉及扩张型心肌病(DCM)与致心律失常性心肌病(ACM)基因的致病性变异,以及特发性疾病情形。研究采用单核 RNA 测序技术,目标是在细胞核层面解析心脏组织的转录组构成,为理解上述心肌病的分子基础提供数据支撑。

【数据内容】

数据集的核心内容是单核 RNA 测序所得的转录组数据,覆盖约 880,000 个细胞核。样本组成包括 18 例对照心脏和 61 例衰竭的非缺血性人类心脏;疾病组心脏携带 DCM 或 ACM 基因的致病性变异,或为特发性疾病。数据主题标签为 Genomics,表明其内容以基因组学/转录组学测量为主。除上述样本数量与分组信息外,源站未提供更细的细胞类型注释、基因表达矩阵格式或文件清单等细节。

【采集与来源】

数据来源于 omicsdi.org。采集方式为单核 RNA 测序(single-nucleus RNA sequencing),研究对象为人类心脏组织,包括对照心脏与衰竭的非缺血性心脏。样本分组依据为:对照组 18 例;疾病组 61 例,且疾病组涵盖携带 DCM 或 ACM 基因致病性变异的样本以及特发性疾病样本。关于具体的组织处理流程、测序平台、建库方法及伦理审批信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于心脏疾病尤其是非缺血性心力衰竭相关的转录组研究场景,例如对照心脏与衰竭心脏在细胞核层面的转录特征比较、DCM 与 ACM 相关致病性变异背景下的基因表达分析,以及特发性疾病样本的探索性研究。其基因组学主题标签也使其可用于更广泛的转录组学方法学参考。由于样本量较大(约 880,000 个细胞核),适合需要较高细胞核通量的分析任务。具体分析类型与下游应用,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具或代码等均未说明。使用者需依据来源站 omicsdi.org 的相应条目自行获取进一步信息。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、批次效应、测序深度、细胞核质控标准等信息。已知的限制性信息仅包括样本构成:对照组 18 例、疾病组 61 例,疾病组包含 DCM 或 ACM 基因致病性变异样本及特发性疾病样本,未对亚组样本数作进一步拆分说明。其他质量与限制相关内容,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001009292

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们利用单核RNA测序技术,对来自18个对照心脏和61个衰竭的非缺血性人类心脏的880,000个细胞核进行了转录组特征分析,这些心脏涉及DCM和ACM基因的致病性变异或特发性疾病。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。