CPTAC蛋白基因组癌症数据集

CPTAC蛋白基因组癌症数据集提供癌症蛋白质组、基因组、临床和质谱原始数据,数据模态为多模态,可用于癌症相关病例识别、诊断建模、分割检测、风险评估或临床研究复现。

National Cancer InstituteNational Cancer Institute
Proteomic Data Commons
2025-01-01 更新
浏览 21
多模态分类cancerproteomicsimaginggeneticscreeningdrug discovery
CPTAC Proteogenomic Data

基本信息

模态
多模态
任务类型
分类
许可
NIH Data Use Policy
创建/更新时间
2025-01-01

资源简介

CPTAC蛋白基因组癌症数据集

【一句话概览】

美国国家癌症研究所(NCI)癌症治疗与诊断部门(DCTD)下设的数据项目,向科学界提供多种数据。这些数据涉及癌症、蛋白质组学、影像、遗传、筛查和药物发现等领域(来源 proteomics.cancer.gov)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Data - NCI》。

【数据内容】

源站原始描述:Data Programs within NCI''s Division of Cancer Treatment and Diagnosis (DCTD) provide a wide range of data for use to the scientific community

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):NCI的癌症治疗与诊断部门(DCTD)内的数据项目为科学界提供了广泛的数据资源。

【主题与分类】

主题标签:cancer、proteomics、imaging、genetic、screening、drug discovery。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://proteomics.cancer.gov/data-portal

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使用方式

数据集获取

源站:https://proteomics.cancer.gov/data-portal

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CPTAC Proteogenomic Data 数据集包含癌症蛋白质组、基因组、临床和质谱原始数据,可围绕癌症(Cancer)开展病例筛选、特征提取、诊断分类、分割检测或预后分析。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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