RNA测序确定左心房基因表达的遗传控制

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-69890

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：全基因组关联研究（GWAS）已识别出14个与心房颤动相关的基因座，但导致这些关联的机制以及因果遗传变异仍不明确。改变邻近基因表达水平的遗传变异便是其中一种可能的机制。方法：我们对一个包含265名受试者的双种族队列的左心耳进行了polyA+ RNA测序。使用TopHat比对器将大约5000万个读段片段映射到hg19转录组，并使用htseq对照Ensembl 71参考转录组进行片段计数。我们还使用Illumina Hap550v3和Hap610-quad SNP微阵列获得了基因型。随后，使用IMPUTE将基因型填充至1000 Genomes。使用R包sva计算表达替代变量，并将其作为协变量用于全基因组eQTL扫描。根据研究IRB的规定，不允许提供本研究的原始数据，即使是对dbGaP也不行。因此，本研究的原始数据不可获取。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。