GSE221262：iCMs中FAM13B敲低

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE221262

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

FAM13B基因附近的常见人类遗传变异与心房颤动相关，也与人类左心耳组织中FAM13B mRNA的表达水平相关。为确定FAM13B基因表达在来源于诱导多能干细胞的人心肌细胞（源自iCell Cardiomyocytes的iCMs）中的作用，我们使用针对FAM13B的siRNA敲低其基因表达（KD），或使用乱序序列的siRNA（SCR）。从生物学三重复培养板中制备总RNA，并进行bulk RNAseq。在Illumina HiSeq 2000上进行100-bp双端测序。使用STAR比对软件（版本2.3.0）将序列reads比对到人类基因组，以获得基因表达的数字计数，基因使用Ensembl基因目录（版本69）定义。对基因进行过滤以确保在至少2个样本中CPM（每百万计数）> 5，最终得到11,017个基因。使用limma-voom方法并结合错误发现率控制，对iCMs中FAM13B KD与对照SCR siRNA进行差异表达分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。