EC谱系追踪小鼠单细胞RNA测序数据集

资源简介

EC谱系追踪小鼠单细胞RNA测序数据集

GSE299595 是一个来源于 NCBI GEO 的单细胞 RNA 测序数据集，全称为 Single cell RNA-sequencing of EC lineage tracing mice，即 EC 谱系追踪小鼠的单细胞 RNA 测序。该数据集归入心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化方向，围绕动脉粥样硬化过程中内皮细胞基因表达的异质性及其动态变化展开。研究者对西式饮食喂养 8 周的小鼠主动脉进行单细胞 RNA 测序，以刻画内皮细胞在疾病进程中的表达特征。数据集包含 1 个文件，样例文件为 GSE299595_series_matrix.txt.gz，作者为 Kathryn M. Citrin，发布时间为 Jun 11 202，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL34290 平台与 10090 物种编号。

【数据集背景】

动脉粥样硬化是心血管系统疾病中的核心病理过程，内皮细胞位于血管壁与血流交界处，其基因表达的异质性与改变被认为与疾病发生发展密切相关。为 ascertain 内皮细胞基因表达如何呈现异质性并在动脉粥样硬化全程中发生变化，该研究采用 EC 谱系追踪小鼠模型，并对西式饮食喂养 8 周的小鼠主动脉组织进行单细胞 RNA 测序。这一设计使研究者能够在单细胞分辨率下观察主动脉内内皮细胞群体的转录特征，为理解内皮细胞在动脉粥样硬化中的角色提供数据基础。数据集标题与源站描述均指向这一研究目的，本站将其归类于心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化。

【数据内容】

该数据集为单细胞 RNA 测序数据，来源于 EC 谱系追踪小鼠的主动脉组织。源站描述说明，小鼠经西式饮食喂养 8 周后取主动脉进行单细胞 RNA 测序，用于分析内皮细胞基因表达的异质性及其在动脉粥样硬化过程中的变化。数据集文件数量为 1，文件样例为 GSE299595_series_matrix.txt.gz，属于系列矩阵文件形式。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL34290 与 10090，分别对应高通量测序表达谱分析、芯片/测序平台编号与小鼠物种编号。除上述信息外，样本数量、细胞数量、测序深度、基因数目等具体指标源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库，数据集编号为 GSE299595。源站标题为 Single cell RNA-sequencing of EC lineage tracing mice。研究材料为西式饮食喂养 8 周的小鼠主动脉，实验方法为单细胞 RNA 测序。作者为 Kathryn M. Citrin，发布时间为 Jun 11 202。数据集的分类归属为心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化。除上述来源信息外，具体的实验批次、测序平台运行参数、组织解离方案等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于动脉粥样硬化相关的心血管系统疾病研究，尤其是关注内皮细胞基因表达异质性及其在疾病进程中变化的研究场景。由于采用 EC 谱系追踪小鼠模型并结合单细胞 RNA 测序，可用于在单细胞层面考察主动脉内皮细胞群体的转录特征。主题标签表明其属于高通量测序表达谱分析，适合作为表达谱层面的数据资源。具体可支持的分析类型、可回答的生物学问题范围，源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE299595_series_matrix.txt.gz，按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以保证后续处理的准确性。除上述文件读取与接入建议外，具体的分析流程、标准化方法与参数设置源站未提供。

【质量与限制】

该数据集文件数量为 1，样例文件为系列矩阵文件。关于数据质量指标、细胞过滤标准、批次效应评估等信息源站未提供。由于仅依据现有信息，无法对数据完整性、测序质量与生物学重复情况作出判断，使用时应结合源站原始记录进一步核实。数据集发布时间为 Jun 11 202，其余版本与更新信息源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Kathryn M. Citrin，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集编号为 GSE299595。引用时应参照源站提供的引用方式。关于许可条款与使用限制，源站未提供。