动脉粥样硬化斑块成纤维细胞来源与身份研究数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE277853

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数据说明

为稳健地界定成纤维细胞的特性、来源和命运，我们采用了54个单细胞RNA测序文库的荟萃分析，包括有或无动脉粥样硬化的小鼠平滑肌细胞（Myh11）和内皮细胞（EC）（Cdh5）谱系报告基因小鼠；人类对照和动脉粥样硬化动脉；以及从低密度脂蛋白（LDL）受体敲除（Ldlr−/−）小鼠中分别处理的小鼠外膜和动脉粥样硬化斑块。这些荟萃分析显示，小鼠和人类斑块成纤维细胞的特性由Pdgfra、Pi16、Cygb和Serpinf1 mRNA稳健地定义。95%的斑块成纤维细胞并非来源于Myh11谱系，而成纤维细胞簇中未发现Cdh5谱系阳性细胞。我们在动脉粥样硬化的小鼠主动脉中鉴定了五种小鼠动脉成纤维细胞亚群：祖成纤维细胞、基质成纤维细胞、炎症成纤维细胞、一种在内膜和外膜中均检测到的类EC成纤维细胞亚群，以及外膜特有的Col5a3+成纤维细胞。接下来，我们使用伪时间分析和Pdgfra-CreERT2/tdTomato谱系报告基因小鼠（Pdgfra Lin+）研究了成纤维细胞的特性、来源和命运。

健康的Pdgfra Lin+报告小鼠显示出以血管外膜为主的tdTomato表达，而中膜和内膜中Pdgfra Lin+细胞较少，分别共表达MYH11和PECAM1。Pdgfra Lin+斑块面积随饮食持续时间增加。Pdgfra Lin+细胞在斑块中 largely 维持成纤维细胞身份，而<10%共表达SMC标志物（MYH11、SM22α），或贡献于ACTA2+帽细胞。获得间充质标志物的ECs在转录上与获得EC标志物的Cdh5谱系阴性成纤维细胞不同。斑块驻留的EC样成纤维细胞显示出间充质-内皮转化转录组，该转录组在体外由饥饿诱导人原代成纤维细胞，并被IL1B、TGFB1、TGFB3和氧化LDL抑制或逆转。跨物种整合显示，所有小鼠斑块成纤维细胞均 conse

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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