基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

LDLR-/-与LDLRP2Y6R-/-巨噬细胞动脉粥样硬化后转录组分析

GSE210571 数据集来自 NCBI GEO，标题为“Analysis of LDLR-/- Type and LDLRP2Y6R-/- Macrophage Transcriptomes after atherosclerosis”，聚焦于 LDLR-/- 与 LDLRP2Y6R-/- 两种基因型巨噬细胞在动脉粥样硬化后的转录组分析。该数据集属于心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化分类，采用高通量测序进行表达谱分析，旨在通过比较 P2Y6R 敲除前后巨噬细胞的转录组变化，理解 P2Y6R 在动脉粥样硬化过程中对巨噬细胞的调控作用。数据集包含 1 个文件，即 GSE210571_series_matrix.txt.gz，作者为 Q，Hu，发布时间为 Aug 04 202。

【数据集背景】

动脉粥样硬化是心血管系统疾病中的常见病理过程，巨噬细胞在其发生发展中扮演重要角色。该研究关注 P2Y6R 在巨噬细胞中的作用，通过构建 LDLR-/- 与 LDLRP2Y6R-/- 两种基因型模型，在动脉粥样硬化背景下对巨噬细胞进行转录组表达谱分析。研究目标是考察 P2Y6R 敲除对巨噬细胞转录组的影响，从而理解 P2Y6R 如何调控动脉粥样硬化过程中的巨噬细胞行为。这一背景决定了数据集的核心价值在于提供两种基因型巨噬细胞在疾病状态下的基因表达信息，供后续差异表达与功能机制研究使用。

【数据内容】

该数据集的内容为高通量测序产生的表达谱数据，主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”，涉及平台 GPL17021 与物种编号 10090。数据集以系列矩阵文件形式提供，文件名为 GSE210571_series_matrix.txt.gz，文件数量为 1。该文件通常承载样本层面的表达信息与相关注释，可用于比较 LDLR-/- 与 LDLRP2Y6R-/- 巨噬细胞在动脉粥样硬化后的转录组差异。数据的具体样本数量、基因数量、测序深度等细节源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题与数据集英文名一致。源站描述指出，研究目的是通过 RNA-seq 对巨噬细胞进行转录组分析，以考察 P2Y6R 敲除的影响，并理解 P2Y6R 在动脉粥样硬化期间如何调控巨噬细胞。作者为 Q，Hu，发布时间为 Aug 04 202。数据经 GEO 系列形式组织并发布，用户可通过源站获取该系列矩阵文件。关于样本制备、测序平台运行参数、建库方法等实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于动脉粥样硬化相关的心血管系统疾病研究，尤其是巨噬细胞转录组层面的机制探索。典型用途包括：比较 LDLR-/- 与 LDLRP2Y6R-/- 两种基因型巨噬细胞在动脉粥样硬化后的基因表达差异，识别受 P2Y6R 敲除影响的表达特征，为理解 P2Y6R 对巨噬细胞的调控作用提供数据基础。也可作为高通量测序表达谱分析的练习或验证数据，用于熟悉系列矩阵文件的读取与处理流程。由于数据集仅含一个系列矩阵文件，适合以整体表达谱为对象的分析，而非大规模多数据集整合。具体分析设计需结合源站信息进一步确认。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE210571_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩包格式，需先解压再读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。读取后可结合平台 GPL17021 与物种编号 10090 的注释信息理解表达值的对应关系。由于文件为系列矩阵形式，通常包含样本信息与表达矩阵，分析前应检查行列结构、缺失值与重复项。若用于差异表达分析，需依据样本分组信息进行组织；分组细节源站未提供，应以源站记录为准。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件，数据规模有限，分析时应关注文件完整性与字段一致性。源站未提供样本数量、测序深度、重复设置、质控指标等信息，因此无法据此评估数据的技术质量。数据集聚焦于特定基因型与疾病背景下的巨噬细胞转录组，结论外推需谨慎。使用前建议核对源站最新记录，确认版本与注释信息。对于实验设计、批次效应、归一化方法等影响分析结果的因素，源站未提供，需用户自行判断。

【引用与许可】

引用该数据集时应参考源站记录，作者为 Q，Hu，发布时间为 Aug 04 202。关于数据许可、使用条款与引用格式的详细信息，源站未提供，建议访问 NCBI GEO 对应页面查阅。使用者在发表研究成果时应遵循源站的相关要求，并注明数据来源为 NCBI GEO 的 GSE210571 系列。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE210571

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE210571

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的目标是探究巨噬细胞转录组分析（RNA-seq）中P2Y6R敲除的影响，以了解P2Y6R在动脉粥样硬化过程中如何调控巨噬细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别