健康和动脉粥样硬化动脉中单细胞测序揭示的成纤维细胞异质性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE196395

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

外膜成纤维细胞异质性的特异性标志物及深入分析尚待充分探索。利用外膜间充质细胞富集组分的单细胞RNA测序，我们在健康小鼠外膜中定义并量化了新型标志物。PHATE降维及后续聚类分析表征了其异质性，预测出三种新的分化轨迹。基因本体（GO）分析支持了与血管发育、抗原呈递及胶原纤维组织相关的差异性功能谱。衰老和高胆固醇血症等血管病理状态在体内差异性地影响了各轨迹的存在。我们验证了在斑块形成之前，与胶原基因本体相关的轨迹存在增加，且其与血管外膜胶原积聚增加相关，而在晚期动脉粥样硬化中该轨迹的存在减少。在人类晚期动脉粥样硬化中也观察到了成纤维细胞轨迹基因集，其中上述轨迹与不良斑块特征呈负相关。

因此，我们揭示了健康状态和血管病理中成纤维细胞异质性的基础，并且我们的数据表明，轨迹调控对于针对特定轨迹的干预措施至关重要。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。