GSE188978：单细胞RNA测序揭示动脉粥样硬化中miR-21的细胞类型特异性功能

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE188978

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数据说明

目的：利用单细胞转录组分析，在动脉粥样硬化小鼠模型中寻找西方饮食喂养后受microRNA-21调控的细胞类型特异性基因。方法：对5周龄的WT/mTmG/Myh11ERT2与miR-21fl/flmTmG/Myh11ERT2同窝小鼠注射他莫昔芬以进行CRE重组。随后接受AAV8-PCSK9注射，并喂食西方饮食（1.25%胆固醇；D12108；Research Diets, Inc）20周以诱导动脉粥样硬化。从WT/mTmG/Myh11ERT2与miR-21fl/flmTmG/Myh11ERT2小鼠中采集主动脉，并在含0.1%放线菌素的1.5mg/ml胶原酶A（10103578001，Roche）+ 0.5mg/ml弹性蛋白酶（6365，Worthington）缓冲液中于37°C轻柔振荡消化1小时。消化后的主动脉通过70 μm细胞筛网过滤，并用活/死细胞活力染料eFluor 450（Thermo Fisher Scientific）染色。存活的eGFP+（SMCs）与eGFP-/tdTomato+（非SMC主动脉细胞）通过FACS Aria III（BD Biosciences）分选。

将分选得到的eGFP+（平滑肌细胞，SMCs）和eGFP−/tdTomato+（非平滑肌细胞的主动脉细胞）混合，以代表主动脉细胞的完整图谱，随后封装入液滴，并按照制造商说明使用10X Genomics GemCode技术进行处理。在耶鲁基因组分析中心，将每个样本中等数量的细胞加载到10x Genomics Chromium控制器仪器上，生成单细胞乳液凝胶珠（GEMs）。在每个GEM内对单细胞的多聚腺苷酸化mRNA进行裂解和带条形码的反转录，随后使用Single Cell 3’ Reagent Kits v2（10X Genomics）生成cDNA。文库在Illumina HiSeq 4000上以2 × 100双端读长进行测序。结果：来自WT/mTmG/Myh11ERT2样本的5404个细胞和来自miR-21fl/flmTmG/Myh11ERT2样本的6911个细胞用于表达分析，并鉴定出缺乏miR-21的SMCs的区分表型。对DEGs进行通路分析后，揭示了SMCs中miR-21缺陷所调控的通路，这些通路有助于

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。