动脉粥样硬化平滑肌谱系转录组荟萃分析及其与体外模型的关系

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE174029

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在动脉粥样硬化病变单细胞荟萃分析中，我们鉴定出24个细胞簇，研究间存在显著异质性，尤其是巨噬细胞群体。VSMC谱系阳性细胞的轨迹分析揭示了若干可能的状态转换路径，其中一条经由增殖性细胞簇从收缩型VSMC向巨噬细胞转换。体内与体外状态的转录组比较强调，三项（体外）胆固醇处理VSMC实验的数据未能反映体内观察到的细胞状态转换。然而，所分析的所有体外巨噬细胞图谱（M1、M2和oxLDL）与体内巨噬细胞图谱的相似性，均高于VSMC与体内VSMC图谱的相似性，其中oxLDL负载的巨噬细胞与体内状态最为相似。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。