条件性SMC特异性敲除ADAR1联合组成性敲除RNA感受器MDA5对小鼠主动脉单细胞转录组谱及动脉粥样硬化的影响

该数据集来自 omicsdi.org,主题标签为 Genomics,属于心血管系统疾病中的动脉粥样硬化方向。数据内容为小鼠主动脉单细胞转录组谱,用于研究在平滑肌细胞(SMC)中条件性敲除 ADAR1、同时组成性敲除 RNA 感受器 MDA5 后,对主动脉细胞转录组及动脉粥样硬化进程的影响

omicsdi
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基因组分类Genomics
Effect of conditional SMC specific deletion of ADAR1 with constitutive deletion of RNA sensor MDA5 on mouse aortic single cell transcriptomic profile and effect on atherosclerosis

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-10

资源简介

条件性SMC特异性敲除ADAR1联合组成性敲除RNA感受器MDA5对小鼠主动脉单细胞转录组谱及动脉粥样硬化的影响

该数据集聚焦于心血管系统疾病中的动脉粥样硬化方向,来源于 omicsdi.org,主题标签为 Genomics。其核心内容为小鼠主动脉单细胞转录组谱,旨在研究在平滑肌细胞(SMC)中条件性敲除 ADAR1、同时组成性敲除 RNA 感受器 MDA5 后,对主动脉细胞转录组以及动脉粥样硬化进程所产生的影响。通过单细胞水平的转录组分析,该数据集为理解 ADAR1 与 MDA5 在血管平滑肌细胞及动脉粥样硬化中的相互作用提供了组学层面的数据基础,属于基因组学与心血管疾病交叉领域的研究资源。

【数据集背景】

动脉粥样硬化是一种涉及血管壁多种细胞类型与复杂分子机制的慢性炎症性疾病。在相关研究中,RNA 编辑酶 ADAR1 与 RNA 感受器 MDA5 在平滑肌细胞中的功能及其对疾病进程的影响是值得探索的方向。该数据集正是围绕这一背景构建,通过条件性敲除平滑肌细胞中的 ADAR1,并同时组成性敲除 RNA 感受器 MDA5,来观察小鼠主动脉单细胞转录组谱的变化,以及这些遗传操作对动脉粥样硬化发生发展的影响。数据集所属分类为心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化,主题标签为 Genomics,体现了从基因组学层面解析心血管疾病机制的研究定位。

【数据内容】

该数据集的核心内容为小鼠主动脉单细胞转录组谱。具体而言,数据反映了在平滑肌细胞中条件性敲除 ADAR1、同时组成性敲除 RNA 感受器 MDA5 之后,小鼠主动脉细胞在单细胞水平上的转录组特征。这些数据可用于比较不同遗传背景下的细胞转录状态,进而分析上述基因操作对主动脉细胞组成和基因表达的影响,并关联到动脉粥样硬化进程的变化。数据主题标签为 Genomics,表明其属于基因组学范畴,侧重于转录组层面的高通量测序信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站对其的描述为:Effect of conditional SMC specific deletion of ADAR1 with constitutive deletion of RNA sensor MDA5 on mouse aortic single cell transcriptomic profile and effect on atherosclerosis。除来源站与上述描述外,关于具体的采集时间、实验地点、样本数量、测序平台、建库方法等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于心血管系统疾病中动脉粥样硬化方向的研究,尤其是涉及平滑肌细胞、ADAR1、MDA5 以及 RNA 感受器相关机制的单细胞转录组分析。潜在应用包括:探索 ADAR1 与 MDA5 在主动脉细胞中的相互作用,分析条件性基因敲除对细胞转录组的影响,以及将转录组变化与动脉粥样硬化表型进行关联研究。此外,该数据集也可作为基因组学与心血管疾病交叉领域的参考资源,用于方法学比较或作为相关研究的验证数据。但具体适用场景需结合源站提供的原始信息与数据本身的质量进行评估。

【使用方法】

该数据集可通过 omicsdi.org 获取。使用者可根据源站提供的访问方式下载或检索数据。由于源站未提供详细的使用说明,建议在使用前仔细阅读源站的相关文档与元数据,了解数据格式、样本分组与实验设计。对于单细胞转录组数据,通常需要进行质量控制、标准化、降维聚类与差异表达分析等步骤,但具体分析流程应依据数据实际结构与研究目的确定。源站未提供标准分析流程或代码,使用者需自行建立或参考领域通用方法。

【质量与限制】

该数据集的质量与限制信息,源站未提供。包括但不限于样本量、测序深度、细胞捕获数、批次效应、数据完整性、噪声水平以及潜在的技术偏差等,均无明确说明。因此,在使用该数据集时,应谨慎评估其适用性与可靠性,并结合源站提供的原始描述进行判断。由于缺乏质量评估细节,无法对数据的精确度、可重复性与偏倚风险做出具体结论。

【引用与许可】

该数据集的引用方式与许可信息,源站未提供。使用者应遵循 omicsdi.org 的相关规定,并在使用数据时注意知识产权与数据共享政策。如需引用,建议直接参考源站页面或联系数据提供方获取准确的引用格式与许可条款。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/project/PRJNA1179865

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件性SMC特异性敲除ADAR1并组成性敲除RNA感受器MDA5对小鼠主动脉单细胞转录组谱的影响及其对动脉粥样硬化的作用

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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