AorticStenOmics:人主动脉瓣显微成像数据

该数据集来自 datashare.ed.ac.uk,收录人主动脉瓣在主动脉瓣狭窄不同阶段的显微成像数据,涵盖 duplex 免疫组织化学(IHC)、多重免疫荧光(mIF)以及苏木精-伊红(H&E)染色三类图像

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医学影像图像分割aortic stenosisspatial transcriptomicsXeniumhuman aortic valveaortic valve diseasetranscriptomics
AorticStenOmics: microscopy of human aortic valves

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-06

资源简介

AorticStenOmics:人主动脉瓣显微成像数据

AorticStenOmics: microscopy of human aortic valves 是一个聚焦于人类主动脉瓣狭窄的显微成像数据集,收录了人主动脉瓣在主动脉瓣狭窄不同阶段的显微图像资料。该数据集来源于 datashare.ed.ac.uk,属于心血管系统疾病 / 主动脉瓣狭窄分类,主题标签涵盖 aortic stenosis、spatial transcriptomics、Xenium、human aortic valve、aortic valve disease 与 transcriptomics。整体来看,它为研究主动脉瓣狭窄这一常见心脏瓣膜病变提供了以显微成像为核心的数据资源,涵盖 duplex 免疫组织化学(IHC)、多重免疫荧光(mIF)以及苏木精-伊红(H&E)染色三类图像,可用于观察瓣膜组织在不同病变阶段的形态与分子特征。

【数据集背景】

主动脉瓣狭窄是心血管系统疾病中一类重要的瓣膜病变,涉及瓣膜组织在疾病谱系中的结构与分子改变。该数据集以人类主动脉瓣为对象,覆盖主动脉瓣狭窄的不同阶段,旨在通过显微成像手段呈现瓣膜病变过程中的组织学与分子层面的信息。其主题标签中包含 spatial transcriptomics、Xenium 与 transcriptomics,提示该资源与空间转录组学及转录组学分析方向存在关联,为在组织原位背景下理解主动脉瓣狭窄的病理机制提供了数据基础。

【数据内容】

该数据集包含来自人类主动脉瓣的显微成像数据,覆盖主动脉瓣狭窄的整个疾病谱。具体而言,数据集中包括三类染色与成像方式:duplex 免疫组织化学(IHC)、多重免疫荧光(mIF)以及苏木精-伊红(H&E)染色。这些图像类型分别从不同角度呈现瓣膜组织的形态与分子标记信息。duplex IHC 与 mIF 可用于观察特定蛋白或标记物的空间分布,而 H&E 染色则提供常规组织形态学参考。数据集中还涉及 spatial transcriptomics、Xenium 与 transcriptomics 等主题方向,表明其内容可能与空间转录组数据或相关分析产生联系。

【采集与来源】

该数据集来源于 datashare.ed.ac.uk,即爱丁堡大学的数据共享平台。源站描述指出,该数据沉积包含来自人类主动脉瓣的显微成像数据,覆盖主动脉瓣狭窄的整个谱系。数据集的英文名称为 AorticStenOmics: microscopy of human aortic valves,本站分类为心血管系统疾病 / 主动脉瓣狭窄。关于具体的样本采集流程、伦理审批信息、采集时间与地点等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于主动脉瓣狭窄相关的组织学与分子影像研究。借助 duplex IHC、mIF 与 H&E 染色图像,研究人员可以观察瓣膜组织在不同病变阶段的形态变化与标记物分布。结合 spatial transcriptomics、Xenium 与 transcriptomics 等主题方向,该资源可用于空间转录组学分析、转录组学探索以及瓣膜疾病机制研究等场景。此外,它也可作为心血管系统疾病教学中展示主动脉瓣狭窄显微成像特征的参考材料。具体应用方式需结合数据实际内容与配套分析流程确定。

【使用方法】

该数据集以显微成像数据为主,使用时可依据图像类型选择相应的分析方式。对于 duplex IHC 与 mIF 图像,可进行标记物表达与空间分布的观察与定量分析;对于 H&E 染色图像,可进行常规组织形态学评估。若涉及 spatial transcriptomics、Xenium 或 transcriptomics 相关分析,则需结合相应的空间转录组或转录组数据处理流程。关于数据的具体文件格式、目录结构、配套元数据与推荐分析工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 datashare.ed.ac.uk,覆盖人类主动脉瓣在主动脉瓣狭窄不同阶段的显微成像数据,包含三类染色图像。关于数据质量指标、样本量、分辨率、批次效应、缺失情况以及使用限制等信息,源站未提供。使用者在使用前应自行评估数据的适用性与局限性。

【引用与许可】

该数据集来源于 datashare.ed.ac.uk,英文名称为 AorticStenOmics: microscopy of human aortic valves。关于具体的引用格式、许可协议、使用条款与数据访问权限等信息,源站未提供。

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源站:https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/9221

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自人主动脉瓣的显微镜成像数据,覆盖了主动脉瓣狭窄的整个谱系。数据集包括双重免疫组织化学(IHC)、多重免疫荧光(mIF)和苏木精-伊红(H&E)染色。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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