GSE93609:大鼠颅内动脉瘤基因表达数据
源站描述指出,样本来自动脉瘤组织与对照动脉壁,可用于比较两类组织的基因表达差异,进而支持动脉瘤相关分子标志物筛选与分类建模研究(来源 NCBI)

基本信息
资源简介
GSE93609:大鼠颅内动脉瘤基因表达数据
GSE93609 是一个面向大鼠颅内动脉瘤的基因表达数据集,源站标题为“Gene expressions in rat intracranial aneurysms”,归属于心血管系统疾病下的动脉瘤方向,来源为 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)。该数据集围绕动脉瘤组织与对照动脉壁的基因表达谱展开,可用于比较两类组织之间的表达差异,为动脉瘤相关分子标志物的筛选以及分类建模研究提供数据基础。数据集由 Tomohiro、Aoki 提交,发布时间为 2019 年 1 月 13 日,主题标签涉及表达谱芯片分析、GPL14797 平台以及物种编号 10116,整体以单个压缩文件的形式提供下载。
【数据集背景】
颅内动脉瘤是心血管系统疾病中具有代表性的血管病变类型,其发生发展涉及血管壁结构与基因表达层面的改变。该数据集以“Gene expressions in rat intracranial aneurysms”为主题,聚焦大鼠颅内动脉瘤的基因表达情况,通过对比动脉瘤标本与对照动脉壁标本,刻画两类组织在表达谱上的差异。这一设计使数据集能够服务于动脉瘤相关分子机制探索与候选标志物发现等研究方向,属于表达谱芯片类数据资源。
【数据内容】
数据集的文件数量为 1,文件样例为 GSE93609_series_matrix.txt.gz,即以 GZIP 压缩包形式提供的系列矩阵文件。该文件承载样本层面的基因表达信息,配合主题标签中的表达谱芯片(Expression profiling by array)与平台编号 GPL14797,可判断其数据组织形式为芯片表达谱矩阵。样本构成方面,源站描述说明标本来自动脉瘤组织与对照动脉壁,因此数据中同时包含病变组与对照组两类样本的表达信息,便于开展组间比较分析。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI,源站标题与数据集英文名一致,均为“Gene expressions in rat intracranial aneurysms”。源站描述指出,分析对象为动脉瘤标本与对照动脉壁标本。数据由 Tomohiro、Aoki 提交,发布时间为 2019 年 1 月 13 日。物种信息由主题标签中的 10116 体现,对应大鼠。除上述信息外,样本采集的具体时间、地点、动物模型构建方式及伦理审批等信息,源站未提供。
【适用场景】
基于动脉瘤组织与对照动脉壁两类样本的表达谱,该数据集适用于比较两类组织的基因表达差异,进而支持动脉瘤相关分子标志物的筛选与分类建模研究。在方法层面,可用于差异表达分析、候选基因识别,以及以表达特征为基础的样本分类模型构建与验证等任务。对于关注心血管系统疾病尤其是动脉瘤方向的表达谱研究,该数据集可作为组间对照分析的数据来源之一。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE93609_series_matrix.txt.gz,并按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段结构与编码方式,确认样本分组、表达值等信息的组织方式无误后,再批量接入后续分析流程。由于数据以系列矩阵形式提供,分析前应明确病变组与对照组的样本对应关系,以保证组间比较的准确性。
【质量与限制】
该数据集仅提供 1 个文件,样本采集细节、实验批次信息、数据预处理与归一化方法等均未在源站描述中说明,源站未提供相关内容。此外,数据为大鼠来源,向其他物种或临床样本外推时需谨慎。使用前应自行核查数据完整性与字段一致性,并在小样本验证的基础上开展批量分析。
【引用与许可】
数据集作者为 Tomohiro、Aoki,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的具体许可条款与正式引用格式,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE93609
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Specimens from aneurysms and control arterial walls were analyzed.
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