颅内动脉瘤测序数据

数据基于高通量测序技术,用于评估颅内动脉瘤中差异表达的lncRNA和mRNA,为颅内动脉瘤表观遗传调控研究提供思路。可用于心血管系统疾病尤其是动脉瘤相关的表达谱分析与分类研究(来源 NCBI)

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基因组分类GPL203019606
GSE158558: Intracranial aneurysm sequencing data

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

颅内动脉瘤测序数据

GSE158558 是一个围绕颅内动脉瘤展开的高通量测序表达谱数据集,其核心目标是通过测序技术评估颅内动脉瘤组织中差异表达的长链非编码 RNA(lncRNA)与信使 RNA(mRNA),从而为颅内动脉瘤的表观遗传调控研究提供思路与线索。该数据集由 Qing、Huang 提交,源站标题为“Intracranial aneurysm sequencing data”,在分类上归属于心血管系统疾病下的动脉瘤方向,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL20301 平台以及物种编号 9606。数据集共包含 1 个文件,样例文件为 GSE158558_series_matrix.txt.gz,整体以表达谱矩阵的形式组织,便于研究者直接获取样本层面的表达信息并开展后续分析。

【数据集背景】

颅内动脉瘤是心血管系统疾病中具有重要临床意义的一类血管病变,其发生发展涉及复杂的分子调控机制。该数据集正是基于测序技术,对颅内动脉瘤中的 lncRNA 与 mRNA 表达差异进行系统评估,试图从转录组层面揭示与疾病相关的表达变化,并为表观遗传调控机制的研究提供切入点。源站描述明确指出,该数据的价值在于为颅内动脉瘤的表观遗传调控研究提供思路,这说明其定位并非单纯的表达量罗列,而是服务于机制探索与假设生成的研究型数据资源。

【数据内容】

数据集以表达谱矩阵文件的形式提供,样例文件名为 GSE158558_series_matrix.txt.gz,采用 GZIP 压缩格式存储。文件内容对应高通量测序获得的表达谱信息,覆盖 lncRNA 与 mRNA 两类转录本层面的差异表达评估结果。主题标签中的 GPL20301 指向所使用的测序平台,9606 对应人类物种,表明该数据来源于人类样本的测序实验。数据集文件数量为 1,意味着全部内容集中在该矩阵文件中,使用者无需在多个文件之间进行拼接整合。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 的基因表达数据库资源,源站标题为“Intracranial aneurysm sequencing data”。数据由 Qing、Huang 提交,发布时间记录为 Sep 25 202。采集方式为基于测序技术的表达谱检测,用于评估颅内动脉瘤中 lncRNA 与 mRNA 的差异表达。除上述信息外,关于样本的具体来源、纳入标准、测序细节与实验设计等内容,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于心血管系统疾病尤其是动脉瘤相关的表达谱分析与分类研究。研究者可以基于 lncRNA 与 mRNA 的差异表达信息,探索颅内动脉瘤的分子分型、候选标志物筛选以及表观遗传调控网络的构建。同时,该数据也可作为方法学研究的输入,用于差异表达分析流程的验证与比较。需要说明的是,这些用途属于基于数据类型的通用研究方向,具体分析结论仍需结合实验验证。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE158558_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包的格式进行读取与解压。建议先在小样本上核对字段结构、样本标识与编码方式,确认读取无误后再批量接入完整的表达谱矩阵,以避免因格式或编码问题导致的分析偏差。在完成数据加载后,可依据 lncRNA 与 mRNA 的注释信息开展差异表达比较与下游分析。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个矩阵文件,数据规模与样本构成信息在现有描述中未展开,源站未提供关于样本量、测序深度、重复设计以及质控指标的详细说明。因此在使用时应注意结合自身研究目的评估数据的适用性,并对差异表达结果进行必要的独立验证。此外,发布时间记录为 Sep 25 202,年份信息不完整,引用时需以源站记录为准。

【引用与许可】

该数据集作者为 Qing、Huang,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Intracranial aneurysm sequencing data”。关于具体的许可条款与引用格式要求,源站未提供,使用与再分发时应遵循 NCBI 及原数据提交者的相关规定。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE158558

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基于测序技术评估颅内动脉瘤差异lncRNA和mRNA表达,为颅内动脉瘤表观遗传调控研究提供思路

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