AL55淀粉样纤维冷冻电镜结构数据集

该数据集包含从AL型淀粉样变性病患者肾脏提取的AL55淀粉样纤维的冷冻电镜结构数据,数据模态为高分辨率三维生物分子结构,通过电子显微镜方法在4 Å分辨率下获得,主要用于研究AL淀粉样变性病的病理机制、淀粉样纤维的聚集结构以及多器官均质化过程,为疾病治疗和结构生物学提供基础。

Protein Data Bank Japan
2024-11-06 更新
浏览 22
淀粉样纤维结构解析AL型淀粉样变性病病理
CryoEM Structure of AL55 Amyloid Fibrils Extracted from the Kidney of an AL Amyloidosis Patient

基本信息

创建/更新时间
2024-11-06

资源简介

AL55淀粉样纤维冷冻电镜结构数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《CryoEM structure of AL55 amyloid fibrils extracted from the kidney of an AL amyloidosis patient.》。

【数据内容】

源站原始描述:Light chains, Amyloid fibrils, AL amyloidosis., PROTEIN FIBRIL

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.1016/j.jmb.2023.168215。

【主题与分类】

主题标签:PROTEIN FIBRIL。

【获取与许可】

源站页面:https://www.rcsb.org/structure/8CPE

规范引用:The Cryo-EM STRUCTURE of Renal Amyloid Fibril Suggests Structurally Homogeneous Multiorgan Aggregation in AL Amyloidosis. (2023) J.Mol.Biol

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源站:https://pdbj.org/mine/summary/8cpe

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集提供了从一名AL型淀粉样变性病患者的肾脏中提取的AL55淀粉样纤维的冷冻电镜(Cryo-EM)结构数据。数据包含免疫球蛋白lambda轻链形成的淀粉样纤维的高分辨率(4 Å)三维结构,通过电子显微镜方法获得,并由Puri、Schulte、Chaves-Sanjuan和Ricagno等作者于2023年提交。该数据集主要用于研究AL型淀粉样变性病的病理机制,特别是肾脏中淀粉样纤维的聚集结构和均质性,为疾病诊断、药物靶点发现及结构生物学研究提供关键信息。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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