AL淀粉样原纤维(来自lambda 3轻链构象A)
该数据集包含通过冷冻电子显微镜解析的、来自系统性AL淀粉样变性患者的lambda 3轻链片段(残基2-116)淀粉样原纤维的三维结构数据,属于蛋白质结构模态,主要用于研究淀粉样纤维的病理构象、疾病发生机制以及为基于结构的药物设计提供靶点信息。

基本信息
资源简介
AL淀粉样原纤维(来自lambda 3轻链构象A)
【数据集背景】
本数据集源站标题为《AL amyloid fibril from a lambda 3 light chain in conformation A》。
【数据内容】
源站原始描述:amyloid, antibody, systemic amyloidosis, light chain, IMMUNE SYSTEM
【数据结构与技术规格】
数据集 DOI:10.1038/s41467-021-21126-2。
【主题与分类】
主题标签:IMMUNE SYSTEM。
【获取与许可】
源站页面:https://www.rcsb.org/structure/6Z1O
规范引用:Cryo-EM reveals structural breaks in a patient-derived amyloid fibril from systemic AL amyloidosis. (2021) Nat Commun
下载信息
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数据集获取
源站:https://pdbj.org/mine/summary/6z1o
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集是一个来源于系统性AL淀粉样变性患者的淀粉样原纤维结构数据,具体为lambda 3型免疫球蛋白轻链片段(残基2-116)在构象A下的原子级三维结构。数据通过冷冻电子显微镜技术(分辨率为3.2埃)解析获得,由Radamaker和Fandrich团队提交并于2021年公开发布。该结构揭示了患者源性淀粉样纤维的独特构象特征,主要应用于淀粉样变性疾病的病理机制研究、结构生物学分析以及相关药物靶点发现。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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