腹主动脉瘤外膜特异性转录组

该数据集为腹主动脉瘤(AAA)外膜特异性转录组数据,来源于 NCBI GEO(GSE232911),采用表达谱芯片技术,物种为人类(9606),平台为 GPL17586

geo
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时间序列分类Expression profiling by arrayGPL175869606
GSE232911: Tunica-Specific Transcriptome of Abdominal Aortic Aneurysm

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

腹主动脉瘤外膜特异性转录组

GSE232911 是一个聚焦腹主动脉瘤(Abdominal Aortic Aneurysm,AAA)的转录组数据集,其标题为“Tunica-Specific Transcriptome of Abdominal Aortic Aneurysm”,即腹主动脉瘤的膜层特异性转录组。该数据集来源于 NCBI GEO 数据库,采用表达谱芯片技术,研究对象为人类(物种编号 9606),芯片平台为 GPL17586。数据集的核心目标在于刻画腹主动脉瘤在不同血管膜层中的病理生理特征,为理解该疾病的分子机制提供转录层面的数据支撑。数据集共包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE232911_series_matrix.txt.gz,以 GZIP 压缩格式提供,便于下载与本地读取。整体而言,该数据集属于心血管系统疾病领域中腹主动脉瘤方向的表达谱资源,适合用于膜层分辨的基因表达分析。

【数据集背景】

腹主动脉瘤是一种以主动脉壁局部扩张为特征的心血管疾病,其发生发展涉及血管壁不同层次的结构与功能改变。该数据集的研究目标明确表述为绘制腹主动脉瘤的膜层特异性病理生理图谱(map the tunica-specific pathophysiology of AAA)。所谓膜层特异性,是指关注血管壁不同膜层(如外膜等)在疾病状态下的转录组差异,而非将整段血管组织作为均质样本处理。这一设计思路有助于在更精细的解剖层次上解析疾病相关的基因表达变化。数据集所属分类为心血管系统疾病 / 腹主动脉瘤,主题标签包括 Expression profiling by array,表明其基于芯片的表达谱检测方式。

【数据内容】

该数据集提供的是腹主动脉瘤的膜层特异性转录组数据。根据侧写信息,其短描述明确指出该数据集为腹主动脉瘤外膜特异性转录组数据,来源于 NCBI GEO(GSE232911),采用表达谱芯片技术,物种为人类(9606),平台为 GPL17586。数据集文件数量为 1,文件样例为 GSE232911_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩包格式。series matrix 文件通常承载样本层面的表达矩阵及样本注释信息,是 GEO 系列数据的标准汇总文件形式。数据的具体样本数量、分组构成、基因数量及表达值分布等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO 数据库,源站地址为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集编号为 GSE232911。作者信息记为 Moritz、Lindquist Liljeqvist,发布时间为 May 19 202(原文如此记录)。数据通过表达谱芯片技术获得,平台编号为 GPL17586,物种为人类(9606)。关于样本采集的具体组织来源、供体临床信息、伦理审批及实验流程等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于腹主动脉瘤膜层特异性转录组的相关研究,例如比较不同血管膜层之间的基因表达差异、探索腹主动脉瘤病理生理的分子特征、以及作为心血管系统疾病表达谱分析的参考数据。由于数据基于芯片平台且物种为人类,可用于人类腹主动脉瘤样本的表达谱验证或与其他转录组数据的对照分析。具体的分析方向需结合样本注释与实验设计确定,源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

使用该数据集时,首先下载数据文件 GSE232911_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,需按对应格式解压后读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认数据读取无误、样本注释与表达矩阵对应正确后,再进行批量接入与后续分析。读取过程中应注意 series matrix 文件的表头结构、样本标识与平台注释信息的匹配关系。关于具体的分析流程与参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集文件数量为 1,以 series matrix 汇总文件形式提供,未提供原始芯片图像或未经过处理的原始数据文件,可能限制对原始信号质量的复核。样本量、分组平衡性、批次信息及缺失值情况等质量相关细节,源站未提供。此外,发布时间记录为 May 19 202,年份信息不完整,引用时需以源站记录为准。使用者在分析前应自行评估数据质量与适用性。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Moritz、Lindquist Liljeqvist,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集编号 GSE232911。关于数据的使用许可、引用格式及版权声明等具体条款,源站未提供,使用时应遵循 NCBI GEO 数据库的相关规定并参考源站页面说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE232911

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Our objective was to map the tunica-specific pathophysiology of AAA

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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