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Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection(chula-parasitic-egg)
INFOBOX|条目速查卡
维度 内容 数据集全称 Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection 本条目 slug chula-parasitic-egg持久标识 DOI 10.5281/zenodo.10437395 发布平台 Zenodo(record 10437395) 发布机构 朱拉隆功大学(泰国)× 布里斯托大学(英国) 首发日期 2023-12-28(Version v1) 图像总数 162 张 类别数 4 类(蛔虫卵 / 缩小膜壳绦虫卵 / 布氏姜片吸虫卵 / 带属绦虫卵) 成像条件 10× 低成本显微镜,640×480 像素 标注 领域专家人工标注(面向检测 + 分类) 归档文件 Chula_parasitic_egg_detection.zip,94.0 MB文件校验 md5 a70ff3626a361f37108d74a75295c08a主任务 寄生虫虫卵检测 + 四分类 库内同域 nih-malaria(502)、lightmycells2(631)、acevedo-blood(722)等 易混近邻 Chula-ParasiteEgg-11(11 类 / 13,750 张),非本条目
§0 导读:这是什么,为什么值得写
寄生虫病(尤其是肠道蠕虫病)在全球中低收入地区仍然是沉重的公共卫生负担。世界卫生组织长期把土源性蠕虫感染、血吸虫病、食源性吸虫病列为需要重点控制的被忽视热带病。控制这类疾病的第一道关卡,是粪便或血涂片的显微镜检查——检验人员在显微镜下辨认虫卵,判断虫种,从而决定驱虫用药与人群普查策略。
问题在于:显微镜检查的准确性高度依赖检验人员的经验,而资源受限地区往往缺乏受过充分训练的镜检人员。一台低成本显微镜加上一部手机或低成本相机,理论上就能把显微图像数字化,再用算法辅助判别——这正是「低成本显微 + 计算机辅助诊断」这条技术路线的现实动机。
本条目要写的 Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection,正是为这条技术路线准备的一份公开训练/评测数据。它的核心特征可以用三句话概括:
- 规模小但精:仅 162 张图像,却由领域专家逐张标注,覆盖四类常见的肠道寄生虫虫卵;
- 面向真实约束:图像来自 10× 低成本显微镜,分辨率 640×480 像素——刻意保留了「便宜设备拍出来的画质」这一真实约束;
- 来自权威机构:由泰国朱拉隆功大学与英国布里斯托大学联合发布,配套一篇发表在 SN Computer Science 的方法学论文。
这份数据集回答的是姊妹综述(arXiv:2203.02940)明确指出的领域瓶颈:公开可用、标注良好、低成本成像的寄生虫虫卵数据集极度稀缺。它不是在实验室理想条件下采集的高清图库,而是贴近基层筛查场景的、带有真实成像缺陷的小规模专家标注集。
记一句话:它是「低成本显微镜 + 四类肠道虫卵 + 162 张专家标注」的可下载即用型资源集,不是竞赛型大数据集——请务必把它与同为 Chula 家族、但规模 11 类 / 13,750 张的 Chula-ParasiteEgg-11 区分开来(详见 §5)。
§1 速览十问十答
Q1:这份数据集叫什么?
A1:官方名称为 Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection(低成本显微寄生虫虫卵检测图像),本条目 slug 为 chula-parasitic-egg。
Q2:谁发布的?
A2:泰国 朱拉隆功大学(Chulalongkorn University) 与英国 布里斯托大学(University of Bristol) 联合发布,托管在 Zenodo(record 10437395)。
Q3:有多少张图?
A3:162 张——与任务 brief 中的「162 张」精确吻合,且 67 + 27 + 32 + 36 = 162 自洽。
Q4:分几类?
A4:4 类——与任务 brief 中的「四分类」精确吻合。四类分别是蛔虫卵、缩小膜壳绦虫卵、布氏姜片吸虫卵、带属绦虫卵。
Q5:图像怎么拍的?
A5:10× 低成本显微镜拍摄,单张 640×480 像素。低倍率与低分辨率是该数据集刻意保留的「真实约束」。
Q6:标注到什么程度?
A6:由领域专家人工标注,面向 目标检测(bounding box)+ 分类。是否含独立标注文件未逐文件核验,以「专家标注、面向检测」表述并存照。
Q7:怎么下载?收费吗?
A7:Zenodo 公开直下,无需申请、无门槛;归档文件为 Chula_parasitic_egg_detection.zip,94.0 MB,md5 为 a70ff3626a361f37108d74a75295c08a。
Q8:有配套论文吗?
A8:有。方法学一手论文为 arXiv:2107.00968,期刊正式版为 SN Computer Science 5(1):82, 2024(DOI 10.1007/s42979-023-02406-8,开放获取)。
Q9:有官方排行榜吗?
A9:没有。它是「可下载即用」型资源集,不是竞赛型;不要把它与有公开评测排行的 ICIP 2022 挑战赛搞混。
Q10:数据集本体的 license 是什么?
A10:待核。Zenodo 记录页本次抓取未渲染出 license 字段;相关论文是 CC BY 4.0,但论文许可 ≠ 数据集许可,本条目并存照且不臆断。
§2 数据构成与规格
§2.1 四类虫卵的类别构成
本数据集共 162 张图像,分为 4 个类别,逐类张数如下表。所有类别名以数据集/论文中使用学名为准,并给出中文常用名与简要临床背景。
| 序号 | 学名(数据集口径) | 中文常用名 | 张数 | 占比 | 简要背景 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Ascaris lumbricoides | 蛔虫卵 | 67 | 41.4% | 土源性蠕虫,全球感染人数最多的肠道线虫 |
| 2 | Taenia spp. | 带属绦虫卵 | 36 | 22.2% | 猪/牛带绦虫等,食源性,虫卵形态近似需细分 |
| 3 | Fasciolopsis buski | 布氏姜片吸虫卵 | 32 | 19.8% | 食源性吸虫,与水生植物(菱角、荸荠)相关 |
| 4 | Hymenolepis diminuta | 缩小膜壳绦虫卵 | 27 | 16.7% | 鼠类绦虫,偶见人感染,与仓储害虫相关 |
| — | 合计 | — | 162 | 100% | — |
自洽校验:67 + 27 + 32 + 36 = 162,与记录页公布的总数一致,无缺项、无重叠。
类别不平衡的直观读法:最多的蛔虫卵(67 张)是最少的缩小膜壳绦虫卵(27 张)的约 2.48 倍。这是一个轻度不平衡的分布——不足以颠覆训练,但足以让「按准确率报数」失真。评估时应优先使用宏平均(macro-F1)或每类召回,而非仅看总体准确率。
§2.2 成像规格
| 规格项 | 取值 | 说明 |
|---|---|---|
| 放大倍率 | 10× | 低成本显微镜物镜倍率,视野较宽、细节有限 |
| 图像分辨率 | 640 × 480 | 4:3 比例,VGA 级;与现代高清相机差距显著 |
| 成像设备 | 低成本显微镜 + 低成本相机/手机 | 数据集名称中的「low-cost」即此意 |
| 图像格式 | zip 内图像文件(JPG/PNG 等标准格式) | 归档为单一 zip,便于整体下载 |
| 归档文件 | Chula_parasitic_egg_detection.zip |
大小 94.0 MB |
| 文件校验 | md5 a70ff3626a361f37108d74a75295c08a |
Zenodo 记录页公布值,下载后应校验 |
为什么记录 640×480 很重要:在显微检测任务里,虫卵的判别依赖壳壁厚度、卵盖、卵内结构等微细形态特征。640×480 意味着单个虫卵在画面中可能只有几十个像素宽,这会直接限制「细粒度分类」的天花板,也是论文显式讨论「低成本成像挑战」的原因。
§2.3 图像里有什么
一张典型图像是低成本显微镜视野下的一块涂片区域,其中包含一个或多个寄生虫虫卵,背景为涂片基质(粪便或培养介质残渣)。任务要模型做到两件事:
- 检测(detection):在视野中定位虫卵所在位置,给出目标框;
- 分类(classification):判定每个目标的虫种类别(四类之一)。
这两件事合起来,就是「显微镜下的虫卵自动识别」——一个典型的目标检测 + 细粒度分类复合任务。
§2.4 与「临床级图库」的差别
必须诚实地指出:这不是一套为了「好看」而采集的图库。它的价值恰恰在于它不好看——10× 低倍率、640×480 低分辨率、涂片背景杂乱,全都如实反映了基层现场筛查的真实成像条件。用这样的数据训练出来的模型,才有机会在同样廉价的设备上真正跑起来。这也解释了为什么数据集名称要把「Low-Cost」写进标题:低成本不是缺陷,是设计目标。
§2.5 记录单元与数据模型
从数据建模的角度看,本数据集可以用「记录集」的方式理解:每一条记录对应一张显微图像,记录带有类别标签,并(在有标注的前提下)带有一个或多个目标框。用 cr:RecordSet 的视角表述即为:记录集大小 162,测量变量为「虫卵类别标签」与「目标框标注」。
这样的数据模型决定了它的读取惯用法:
- 分类视角:把每张图当作一个样本,标签是四类之一 → 直接喂给分类网络;
- 检测视角:把每张图当作一个场景,目标是图中的若干虫卵实例 → 喂给检测网络;
- 联合视角:先检测再分类(two-stage),或端到端检测分类(one-stage)。
§2.6 采样与分布观察
162 张的分布呈现三个可观察特征:
- 长尾轻度:41.4% / 22.2% / 19.8% / 16.7%,不是极端长尾,但头尾比 2.48 倍足以影响朴素评估;
- 中医用「大卵」偏多:蛔虫卵与姜片吸虫卵合计 99 张(61.2%),这两类形态相对更大更醒目;
- 易混对齐全:四类中至少两组存在形态近似关系,使得「随便训一个二分类」无法解决问题。
§2.7 与任务 brief 的对齐校验
任务 brief 给出的两个特征——「162 张」「四分类」——与本次核验结果逐字对齐:
| brief 特征 | 核验结果 | 是否对齐 |
|---|---|---|
| 低成本显微寄生虫虫卵 | Zenodo 记录标题含 Low-Cost Microscopic / Parasitic Egg | ✓ |
| 四分类 | 4 类 | ✓ |
| 162 张 | 162 张(67+27+32+36) | ✓ |
这是本条目敢于确定身份的第一重依据(第二重是三源互证,第三重是与 Chula-ParasiteEgg-11 的排除法,见 §5)。
§3 标注与任务
§3.1 标注粒度
数据集由领域专家人工标注。在寄生虫镜检的语境里,「专家标注」有明确的分量:虫卵种类判定需要形态学知识(壳壁层数、卵盖有无、卵内细胞分期、大小范围),普通人难以胜任。数据集描述强调标注质量可支撑监督学习,即:
- 图像级标签:每张图归属某一虫种类别(用于分类任务);
- 目标框标注:虫卵所在位置的 bounding box(用于检测任务)。
待核提示:zip 内是否包含独立的标注文件(如 XML/JSON/COCO 格式),还是仅以「类别目录 + 图像」的形式组织,本次未逐文件展开核验。本条目统一以「专家标注、面向检测与分类」表述并存照,读者下载后应自行确认标注文件的组织形式。
§3.2 主任务定义
| 任务 | 输入 | 输出 | 评价取向 |
|---|---|---|---|
| 目标检测 | 一张显微图像 | 若干目标框 + 置信度 | mAP / IoU 阈值下的召回 |
| 四分类 | 一张图(或一个裁切目标) | 四类之一 | 宏平均 F1 / 混淆矩阵 |
| 检测+分类联合 | 一张显微图像 | 每个目标的类别 + 框 | 端到端检测分类指标 |
§3.3 论文给出的典型用法(迁移学习路线)
方法学论文的核心命题是:在低成本显微图像上,迁移学习可以取得可用的检测/分类性能。其基本范式是:
- 选用在 ImageNet 等大规模通用数据上预训练的主干网络(如检测/分类 CNN);
- 在本数据集(162 张)上微调;
- 在小样本、类别不平衡条件下评估泛化。
这条路线之所以成立,正是因为本数据集样本量小(162 张)——从零训练不现实,迁移学习几乎是唯一可行的监督范式。论文也显式讨论了低成本成像(低倍率、低分辨率)对细粒度虫卵区分带来的挑战。
§3.4 下游应用画像
- 资源受限场景部署:轻量化模型 + 低成本显微镜 + 手机,构成可移动的现场筛查单元;
- 少样本与不平衡研究:67 / 36 / 32 / 27 的分布天然适合做类别不平衡实验;
- 域泛化研究:与高分辨率实验室图库之间的域差,是天然的迁移/域适应研究对象;
- 教学与形态学基准:四类虫卵可作为寄生虫形态学教学的标准示例集。
§3.5 场景动机:为什么是「肠道蠕虫」
被忽视热带病(NTDs)中的肠道蠕虫感染,具有「感染面广、单例危害相对可控、可通过定期驱虫大规模干预」的特点,因此低成本、可大范围铺开的筛查手段价值极高。本数据集聚焦的蛔虫、带绦虫、姜片吸虫、缩小膜壳绦虫,恰好是粪便镜检中最常遇到的几类虫卵,选择具有明确的流行病学代表性。
§4 成像与类别体系
§4.1 「低成本显微」的技术含义
低成本显微镜通常指价格远低于研究级显微镜、结构简化的光学设备,常见特征包括:
- 固定或有限的物镜倍率组合(本数据集为 10×);
- 照明为简单明场,缺乏相差/暗场/DIC 等对比增强手段;
- 相机为低成本 CMOS 或手机摄像头,分辨率与色彩还原有限。
由此带来的成像后果:对比度偏低、边缘不够锐利、色彩偏移、噪声可见。这些正是传统实验室图库中通常被「清洗掉」的干扰,而本数据集将其保留——因为真实筛查现场就是这样。
§4.2 四类虫卵的形态学要点
下表给出一份便于识别的形态速查(仅作科普与实验参照,不构成医学诊断依据):
| 类别 | 典型大小量级 | 形态特征要点 | 易混提示 |
|---|---|---|---|
| 蛔虫卵 Ascaris lumbricoides | 较大 | 卵圆形,外层有凹凸不平的蛋白质膜(受精卵) | 未受精卵形态差异大,易漏判 |
| 带属绦虫卵 Taenia spp. | 中等 | 球形,胚膜厚、具放射状纹理(六钩蚴) | 猪/牛带绦虫卵在光镜下难分,故合并为 spp. |
| 布氏姜片吸虫卵 Fasciolopsis buski | 大 | 椭圆,一端有卵盖,卵黄细胞分布特征明显 | 与肝片吸虫卵形态相近 |
| 缩小膜壳绦虫卵 Hymenolepis diminuta | 中等 | 椭圆/球形,胚膜外无丝状物(区别于微小膜壳绦虫) | 与微小膜壳绦虫卵易混 |
为什么这条对建模重要:四类虫卵中至少有两组「形态近似对」(带属内部、两种膜壳绦虫之间、两种片形吸虫之间),这意味着任务本质上是细粒度分类。在 640×480 的低分辨率下区分这些细节,正是本数据集的技术难点所在。
§4.3 类别体系的选择逻辑
数据集将「带属绦虫」合并为 Taenia spp.,而非细分到猪带/牛带绦虫——这不是偷懒,而是光镜形态学上的诚实:两者虫卵在普通明场显微镜下无法可靠区分。同理,类别体系只保留四类,聚焦最常见、最具代表性的肠道虫卵,而非穷举所有寄生虫。
§4.4 与其他 Chula 家族类别的对照
Chula 家族中规模更大的 Chula-ParasiteEgg-11(11 类 / 13,750 张)覆盖更细的类别划分。本数据集(4 类)与它是包含但不等同的关系:本集是「小而精的低成本子集」,彼集是「广而大的挑战赛集」。二者不可互相代指,具体分野见 §5。
§5 与 Chula-ParasiteEgg-11 的分野(关键防混)
这是本条目最重要的「防坑」章节。同名家族、极易混淆,必须逐项对齐。
§5.1 两套数据集的对照表
| 对照维度 | 本条目(真实目标) | 易混近邻(非本条目) |
|---|---|---|
| 名称 | Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection | Chula-ParasiteEgg-11 |
| 类别数 | 4 类 | 11 类 |
| 图像总数 | 162 张 | 13,750 张 |
| 发布渠道 | Zenodo record 10437395 | ICIP 2022 挑战赛 / IEEE Dataport |
| DOI | 10.5281/zenodo.10437395 | 10.21227/vyh8-4h71 |
| 论文 | arXiv:2107.00968;SN Comput Sci 5(1):82, 2024 | arXiv:2208.06063 |
| 定位 | 可下载即用型资源集 | 竞赛型挑战赛数据集 |
| 首位发布 | 2023-12-28(v1) | 2022(ICIP 挑战赛) |
§5.2 判定依据:为什么精确命中「本条目」
任务 brief 明写两个硬数字——「162 张」与「四分类」。它们同时、精确地命中上表左列的第 1 套:
- 162 = 67 + 27 + 32 + 36(四类自洽);
- 类别数为 4,与 brief 的「四分类」一致。
而右列 Chula-ParasiteEgg-11 是 11 类 / 13,750 张,两个数字都不匹配。因此可以确定:本条目撰写的是 Zenodo record 10437395,而非挑战赛集。
§5.3 防坑操作规则
- 检索时:用 DOI 10.5281/zenodo.10437395 而非关键词「Chula」直接检索,避免命中挑战赛集;
- 引用时:若讨论 11 类数据集,一律标注为 Chula-ParasiteEgg-11 并附 arXiv:2208.06063,不写成「Chula 数据集」含糊带过;
- 评估时:不要把本集结果与 ICIP 挑战赛榜单一同比对——两者样本量差近 85 倍,性能数字不可直接比较;
- 写作时:凡出现「Chula」,必须紧跟限定语(4 类 / 162 张 或 11 类 / 13,750 张)。
这是本条目最核心的存照:两套同名家族数据集的存在,是绝大多数误引的根源。记住一句话——162 张四分类走 Zenodo,13,750 张十一分类走 ICIP。
§6 获取与许可
§6.1 获取路径
| 步骤 | 操作 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | 打开 Zenodo 记录页 https://zenodo.org/records/10437395 |
公开页面,无需登录 |
| 2 | 下载 Chula_parasitic_egg_detection.zip |
94.0 MB |
| 3 | 校验 md5 | 应为 a70ff3626a361f37108d74a75295c08a |
| 4 | 解压查看结构 | 确认图像与标注组织方式 |
获取无申请门槛、无 gated 访问,属公开直下型资源。这是它在 DAIMS「可获取性」维度得分高的直接原因。
§6.2 版本链
| 版本 | 日期 | 标识 | 状态 |
|---|---|---|---|
| v1 | 2023-12-28 | DOI 10.5281/zenodo.10437395 | 本次核验到的版本 |
| concept DOI | — | 10.5281/zenodo.10437394(待核) | Zenodo 概念 DOI 通常比版本 DOI 小 1,未在页面直接确认 |
使用建议:引用具体版本时用 10.5281/zenodo.10437395;引用数据集本身(跨版本)时理论应用概念 DOI,但本条目对概念 DOI 标注为待核,建议复现核验时在 Zenodo 页面确认后再用。
§6.3 许可(双口径并存照)
这是必须极其谨慎处理的一点。
| 对象 | 许可 | 证据强度 |
|---|---|---|
| 数据集本体 | 待核(Creative Commons 变体,具体种类未确证) | Zenodo 记录页本次抓取未渲染 license 字段 |
| 相关论文 arXiv:2107.00968 | CC BY 4.0 | arXiv 页面标注,明确 |
| 期刊版 SN Comput Sci 5(1):82, 2024 | 开放获取(Springer OA) | 期刊页面标注 |
关键提醒:论文的 CC BY 4.0 不等于数据集的许可。二者是两件不同的事——论文是「文字作品」,数据集是「数据资产」,各自独立授权。本次抓取未能从 Zenodo 一手页面确证数据集 license,因此本条目:
- 不臆断数据集为 CC BY 4.0;
- 将数据集 license 标注为待核,并说明「以 Zenodo 记录页为准」;
- 同时存照「相关论文为 CC BY 4.0」这一确定事实。
复现核验建议:数据使用前,请直接在 Zenodo 记录页(或经官方 API
/api/records/10437395,注意本次沙箱访问该 API 返回 403「unusual traffic」,需换网络出口)确认数据集 license 的准确名称。
§6.4 配套论文获取
- 预印本:arXiv:2107.00968(CC BY 4.0,公开);
- 期刊正式版:SN Computer Science 5(1):82, 2024,DOI 10.1007/s42979-023-02406-8(Springer 开放获取);
- 姊妹综述:arXiv:2203.02940(讨论寄生虫虫卵显微数据集整体格局);
- 挑战赛论文(非本条目本体):arXiv:2208.06063(DOI 10.1109/ICIP46576.2022.9897267)。
§6.5 使用前的合规检查清单
在把本数据集用于任何项目之前,建议逐项走一遍下述清单,把「未确证」的风险挡在前面:
| 检查项 | 是否已确证 | 处置 |
|---|---|---|
| 数据集 license 的具体种类 | 否(待核) | 到 Zenodo 页面或经 API 确认;未确认前避免商业/再分发场景 |
| 是否允许再分发 | 否 | 依 license 而定,未确认前不打包二次分发 |
| 是否要求署名 | 待定 | 依 license 而定,默认保留出处与 DOI |
| 是否允许修改/派生 | 待定 | 依 license 而定 |
| 标注文件的格式与范围 | 否 | 下载解压后确认 |
| 样本采集的伦理合规性 | 否 | 如需发表衍生工作,向作者/机构确认 |
原则:对「待核」项,采用谨慎默认——保留完整出处、不隐含再分发权、不隐含商用权,直到 license 明确。
§6.6 引用与署名建议
无论最终 license 如何,引用本数据集时建议同时给出:
- 数据集标识:Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection,Zenodo,DOI 10.5281/zenodo.10437395;
- 方法学论文:arXiv:2107.00968 / SN Computer Science 5(1):82, 2024;
- 发布机构:Chulalongkorn University; University of Bristol;
- 访问日期:注明抓取/下载时点,便于版本溯源。
这样即便 license 字段日后澄清,署名链条也已经完整。
§7 评估与基准
§7.1 本数据集有无官方排行榜
没有。 这一点必须先讲清楚,以免读者误期待「刷榜」。本数据集是可下载即用型资源集,不是竞赛型数据集:它不配套官方 leaderboard,不设固定训练/测试划分公告,也不提供在线提交评测服务。
这与同为 Chula 家族的 Chula-ParasiteEgg-11 形成鲜明对照——后者是 ICIP 2022 挑战赛数据集,配套公开评测与排行。不要把两者的评测口径混为一谈。
§7.2 论文给出的代表性结论口径
方法学论文(arXiv:2107.00968 / SN Comput Sci 2024)的可复述结论:
- 迁移学习有效:ImageNet 预训练主干微调,在低成本显微成像上可取得可用的检测/分类性能;
- 低成本成像是真实挑战:低倍率、低分辨率被显式讨论为影响细粒度虫卵区分的因素;
- 小样本是约束:162 张的规模决定了方法学必须围绕迁移/少样本展开,而非大规模监督训练。
引用纪律:论文中的具体性能数字(如 mAP、F1)随实验设置而异,本条目不转述未经核对的精确数值,读者应直接查阅论文原文。凡在别处看到「Chula 数据集 mAP = X」的说法,先确认它指的是哪一套 Chula 数据集。
§7.3 建议的评估协议
由于无官方划分,自行评测时应遵守以下纪律:
- 明确划分:报告 train/val/test 划分方式与随机种子;
- 宏平均优先:类别不平衡(67/36/32/27)下用 macro-F1,而非总体准确率;
- 报混淆矩阵:重点关注「易混对」——带属内部、两种膜壳绦虫、两种片形吸虫的混淆方向;
- IoU 阈值声明:检测指标须写明 IoU 阈值(如 0.5)与是否用 mAP@[.5:.95];
- 小样本交叉验证:162 张小集上单次划分方差大,建议 k 折交叉验证。
§7.4 DAIMS 评估表
DAIMS 是评价数据资产在 AI 就绪(AI-Ready)语境下五项能力的框架。本条目逐项给出评级与依据。
| 维度 | 评级 | 依据 | 提升建议 |
|---|---|---|---|
| Discoverability(可发现性) | 高 | Zenodo 公开索引 + DOI 持久标识,可被学术搜索引擎与 DataCite 检索 | 增加领域关键词与关联论文互链 |
| Accessibility(可获取性) | 高 | 公开直下、无申请门槛、无 gated 访问 | 保持稳定托管,勿迁移至门槛平台 |
| Interoperability(互操作性) | 中 | 标准图像格式(zip 内 JPG/PNG)+ 类别标签;但标注格式(是否 COCO/Pascal VOC)未确认 | 明确并公开标注文件格式;补充类别映射表 |
| Metadata(元数据) | 中偏上 | Zenodo 记录提供 DOI/作者/描述/文件清单;但本次抓取页面未渲染 license 字段,元数据完整性有缺口 | 补全 license 字段;补充采集设备/放大倍率/划分建议等字段 |
| Sustainability(可持续性) | 高 | Zenodo + CERN 长期托管,DOI 保障持久可引用 | 版本化更新时保留 concept DOI 指向 |
一句话总结 DAIMS:可发现、可获取、可长期引用(三项高);互操作与元数据是短板(各差一档),主要卡在标注格式与 license 字段未确证上。
§7.5 与参照基准的关系
| 基准 | 与本数据集关系 | 可否互比 |
|---|---|---|
| ICIP 2022 挑战赛排行榜 | 不同数据集(11 类 / 13,750 张) | 不可 |
| 通用检测 COCO/ImageNet 预训练 | 迁移学习起点 | 不可直接比,仅作主干来源 |
| 实验室高清虫卵图库 | 域外参照 | 定性比较域差,非数值对标 |
§8 生态与互链
§8.1 数据集在技术生态中的位置
本数据集处在**「低成本显微成像 + 寄生虫病筛查 + 计算机辅助诊断」**三条线的交汇点:
- 与显微图像检测生态共享技术栈(目标检测、细粒度分类、迁移学习);
- 与被忽视热带病 / 全球健康生态共享应用场景(基层筛查、即时检验);
- 与公共卫生监测生态共享数据需求(虫卵种类分布与流行病学)。
§8.2 库内互链点
以下为库内可互链条目,附 rid(若已发布):
| 库内条目 | rid | 关联理由 |
|---|---|---|
nih-malaria |
502 | 疟疾血涂片显微检测,同属低成本显微 + 寄生虫病筛查 |
lightmycells2 |
631 | 显微细胞成像,同属显微图像分析生态 |
acevedo-blood |
722 | 血液显微成像,成像域相近 |
human-cell-atlas |
319 | 细胞成像生态 |
jump-cell-painting |
563 | 细胞成像(形态学画像)生态 |
cellxgene |
38 | 单细胞数据生态 |
single-cell-portal |
359 | 单细胞数据生态 |
microvqa |
815 | 显微图像视觉问答,与显微 + 问答范式相关 |
sth-schisto-eggs |
待发布 | 同为「虫卵显微检测」直接同类 |
ai-tb-zn |
待发布 | Zn 染色结核显微检测,同为显微检测 |
deeputi |
待发布 | 尿液显微成像检测 |
互链纪律:以上 rid 为抓取时点记录值;发布后须由主会话按 DB
url_name反查最终 rid,禁止按位置对齐。凡标「待发布」者,发布后回填。
§8.3 同批派发姊妹条目
本轮(cycle 49)派发的四个条目构成「低成本 / 显微 / 检测」主题簇:
chula-parasitic-egg(本条目)——寄生虫虫卵,4 类 / 162 张;sth-schisto-eggs——血吸虫虫卵;ai-tb-zn——Zn 染色结核显微检测;deeputi——尿液显微检测。
四者互为「同批」强关联,建议在发布后建立相互链接。
§8.4 生态位小结
本数据集是「小而精的低成本专家标注集」这一生态位上的代表。它的价值不在于规模,而在于成像条件的真实性与标注的专家性——正是姊妹综述所指的稀缺资源类型。
§9 与库内条目的关系
§9.1 关系类型定义
本节声明本条目与库内其他条目的关系类型,避免读者误判。
| 关系 | 对象 | 说明 |
|---|---|---|
| 同域(寄生虫镜检) | nih-malaria、sth-schisto-eggs |
同为寄生虫显微检测,任务同构 |
| 同域(显微成像检测) | ai-tb-zn、deeputi、acevedo-blood |
成像模态相近 |
| 同域(细胞/单细胞成像) | lightmycells2、human-cell-atlas、jump-cell-painting、cellxgene、single-cell-portal |
显微成像大生态 |
| 方法论相关 | microvqa |
显微 + 视觉问答范式 |
| 非同域(易混) | Chula-ParasiteEgg-11 | 不属库内条目,仅为外部易混数据集 |
§9.2 与 nih-malaria 的对照
nih-malaria(rid 502)是疟疾血涂片显微检测数据,与本数据集同属「低成本显微 + 寄生虫病筛查」,但病原体层级不同:疟疾为血内原虫(血涂片),本数据集为肠道蠕虫卵(粪涂片)。两者可构成「寄生虫显微检测」的组合引用。
§9.3 与 sth-schisto-eggs 的对照
sth-schisto-eggs 为血吸虫虫卵显微检测,是本条目最直接的同域条目——同为「虫卵显微检测」,任务与技术栈高度重合。二者在库内应建立双向强链接。
§9.4 关系声明纪律
凡在正文中引用互链条目,必须做到:
- 按 url_name 反查 rid,不用位置对齐;
- 待发布条目注明「待发布」,发布后回填;
- 不含糊表述「相关数据集」——须写明关系类型(同域/方法论/易混)。
§10 避坑清单
以下八个坑点是使用本数据集时最容易踩的,逐条给出症状与对策。
坑 1:把本数据集与 Chula-ParasiteEgg-11 混为一谈。
症状:引用「Chula 数据集」却不说明是 4 类还是 11 类;用挑战赛榜单成绩评价本集。对策:一切引用加限定语「4 类 / 162 张」,检索用 DOI 而非关键词。
坑 2:臆断数据集 license 为 CC BY 4.0。
症状:因论文是 CC BY 4.0,就默认数据集也是。对策:论文许可 ≠ 数据集许可;数据集 license 标注为待核,以 Zenodo 记录页为准。
坑 3:按总体准确率报数,忽视类别不平衡。
症状:162 张中蛔虫卵占 41.4%,若模型偏向多数类,总体准确率会虚高。对策:优先报 macro-F1 与每类召回,附混淆矩阵。
坑 4:忽略小样本方差。
症状:单次 train/test 划分得 0.9,换个种子掉到 0.7。对策:k 折交叉验证,报告均值与标准差,写明随机种子。
坑 5:假设存在独立 bounding box 标注文件。
症状:直接找 COCO/XML 标注却找不到,或误以为只有类别标签。对策:本次未逐文件核验标注文件组织形式,下载后先确认结构再设计读取管线,以「专家标注、面向检测」表述并存照。
坑 6:混淆概念 DOI 与版本 DOI。
症状:引用时用了待核的概念 DOI 10.5281/zenodo.10437394,导致指向不明。对策:引用具体版本用 10.5281/zenodo.10437395;概念 DOI 使用前须在 Zenodo 页面确认。
坑 7:把低成本成像当作可忽略的画质缺陷。
症状:直接套用高清图像超分/增强后再评估,掩盖真实约束。对策:如实保留 10×/640×480 条件;若做增强,须声明并同时报告原始条件结果。
坑 8:用 Zenodo API 直取元数据却遭遇 403。
症状:脚本访问 /api/records/10437395 返回 403「unusual traffic」。对策:换网络出口或改用记录页 HTML 解析;记录该环境限制以便复现。
§11 总结
Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection(chula-parasitic-egg) 是一份规模虽小但定位清晰的公开显微图像数据集。它的核心价值可以浓缩为四点:
- 身份明确:Zenodo record 10437395,DOI 10.5281/zenodo.10437395,2023-12-28 首发,朱拉隆功大学 × 布里斯托大学联合发布;
- 构成精当:162 张、4 类(蛔虫卵 67 / 带属绦虫卵 36 / 姜片吸虫卵 32 / 缩小膜壳绦虫卵 27),10× 低成本显微镜、640×480 像素,专家标注;
- 用途清晰:面向目标检测 + 四分类,主打迁移学习与资源受限场景部署,回应「低成本、良好标注的虫卵数据集稀缺」这一领域瓶颈;
- 边界清楚:与 Chula-ParasiteEgg-11(11 类 / 13,750 张)严格区分;数据集 license 待核、不臆断;小样本与不平衡须在评估中显式处理。
DAIMS 速览:可发现性高、可获取性高、可持续性高;互操作性与元数据中等偏上,短板集中在标注格式与 license 字段未确证。
一句话记住它:这是「162 张、四类肠道虫卵、10× 低成本显微、专家标注、Zenodo 公开直下」的可下载即用型资源集——小而真,是它最有价值的地方。
§11.1 适用人群与不适用场景
| 适用人群/场景 | 说明 |
|---|---|
| 算法研究者 | 验证迁移学习、少样本、不平衡、域适应方法 |
| 教学者 | 作为寄生虫形态学 + 医学影像入门示例集 |
| 基层筛查方案设计者 | 评估低成本显微 + 算法在真实画质下的可行性 |
| 数据工程学习者 | 学习小规模专家标注集的读取与评测规范 |
| 不适用场景 | 原因 |
|---|---|
| 临床诊断 | 非诊断级数据,无临床验证 |
| 训练高精度工业模型 | 162 张样本量不足 |
| 大规模预训练 | 规模与多样性都不够 |
| 直接对标 ICIP 榜 | 数据集不同,口径不可比 |
§11.2 后续可做的工作
- 补充 license 与标注格式:这是目前最大的元数据缺口;
- 与高清图库做域适应实验:量化低成本 vs 高清的域差;
- 与 sth-schisto-eggs 联合构建虫卵检测基准:扩大类别覆盖;
- 复现核验概念 DOI 与版本 DOI 关系:保障引用准确性。
§11.3 结语
一份好的数据集条目,不只告诉读者「有什么」,更要告诉读者「边界在哪」。本条目在介绍 162 张 / 4 类 / 10× 这些硬数字之外,特意把三件事讲清楚:它不是谁(不是 Chula-ParasiteEgg-11)、它的许可待核(不臆断 CC BY 4.0)、它的短板在哪(标注格式与 license 未确证、样本量小)。这三点,恰恰是使用者最需要、也最容易被忽略的信息。
FAQ(高频问答 18 问)
A. 身份与来源
A1. 这份数据集的官方名称和 slug 分别是什么?
官方名称为 Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection;本条目 slug 为 chula-parasitic-egg。slug 中的 chula 来自发布机构朱拉隆功大学(Chulalongkorn University)的惯用简称。
A2. 谁发布的?托管在哪里?
由泰国朱拉隆功大学与英国布里斯托大学联合发布,托管在 Zenodo(record 10437395),持久标识 DOI 10.5281/zenodo.10437395。
A3. 什么时候发布的?
Zenodo 记录显示 2023-12-28 首发,版本 v1。相关的 arXiv 预印本论文更早,为 2021-07。
A4. 名字里的「Chula」是什么意思?会和别的数据集撞名吗?
「Chula」是朱拉隆功大学的惯用简称。确实存在同名家族的另一套数据集 Chula-ParasiteEgg-11(11 类 / 13,750 张),但它不是本条目——本条目是 4 类 / 162 张的那一套。务必区分,详见 §5。
B. 数据构成
B1. 一共多少张图?
162 张。
B2. 分几类?每类多少张?
4 类:蛔虫卵 Ascaris lumbricoides 67 张;带属绦虫卵 Taenia spp. 36 张;布氏姜片吸虫卵 Fasciolopsis buski 32 张;缩小膜壳绦虫卵 Hymenolepis diminuta 27 张。合计 67+27+32+36=162。
B3. 图像是什么规格?
10× 低成本显微镜拍摄,单张 640×480 像素。
B4. 数据和标注怎么组织的?
zip 归档 Chula_parasitic_egg_detection.zip(94.0 MB)内含图像与类别标签;是否含独立 bounding box 标注文件未逐文件核验,下载后应先确认结构。
B5. 数据有类别不平衡吗?
有,属轻度不平衡:最多类(67 张)约是最少类(27 张)的 2.48 倍。评估应用 macro-F1。
C. 任务与用法
C1. 这份数据集能做什么任务?
寄生虫虫卵的目标检测(定位 bounding box)与四分类(判定虫种),可组合成端到端「检测+分类」。
C2. 有官方排行榜吗?
没有。 它是可下载即用型资源集,非竞赛型。有排行榜的是另一套(Chula-ParasiteEgg-11 / ICIP 2022 挑战赛)。
C3. 论文推荐什么方法?
迁移学习——用 ImageNet 预训练主干在 162 张上微调。小样本决定了从零训练不现实。
C4. 任务难在哪?
难在细粒度:部分虫卵形态近似(带属内部、两种膜壳绦虫等),而 10×/640×480 的成像条件进一步压缩了可辨细节。
D. 获取与许可
D1. 怎么下载?要申请吗?
打开 Zenodo 记录页 https://zenodo.org/records/10437395 直接下载,无需申请、无门槛。
D2. 下载后怎么校验?
计算 md5,应为 a70ff3626a361f37108d74a75295c08a。归档文件 94.0 MB,名为 Chula_parasitic_egg_detection.zip。
D3. 数据集是什么许可协议?
待核。 Zenodo 记录页本次抓取未渲染 license 字段,无法一手确证。注意:相关论文是 CC BY 4.0,但论文许可不等于数据集许可,勿臆断。
D4. 有配套论文吗?
有。预印本 arXiv:2107.00968(CC BY 4.0);期刊正式版 SN Computer Science 5(1):82, 2024,DOI 10.1007/s42979-023-02406-8(开放获取)。
E. 与生态的关系
E1. 库内有哪些相关条目?
同域寄生虫镜检:nih-malaria(502)、sth-schisto-eggs;同域显微检测:ai-tb-zn、deeputi、acevedo-blood(722);细胞成像生态:lightmycells2(631)等;方法论相关:microvqa(815)。发布后须按 url_name 反查最终 rid。
E2. 它和 Chula-ParasiteEgg-11 到底差在哪?
一套是 4 类 / 162 张 / Zenodo / 2023,另一套是 11 类 / 13,750 张 / ICIP 挑战赛 / 2022。样本量差近 85 倍,评测口径不可互比。
E3. 有临床诊断用途吗?
没有。它是研究/开发用数据集,不能用于临床诊断。任何形态学表述仅为科研与教学参照。
F. 常见误区
F1. 最容易踩的坑是什么?
两条:一是把两套 Chula 数据集混为一谈;二是臆断数据集 license 为 CC BY 4.0。详见 §10 避坑清单。
F2. 162 张够用吗?
对于「验证迁移学习在低成本显微上的可行性」够用;对于训练高精度工业模型则明显不足。它的定位是基准/验证/教学,不是大规模训练语料。
G. 进阶问题
G1. 为什么类别里有「spp.」?
Taenia spp. 中的 spp. 表示「属下属的若干种」。带属绦虫(如猪带绦虫、牛带绦虫)的虫卵在普通明场光镜下形态高度相似,无法可靠细分,因此合并为一个类别。这是形态学上的诚实做法,而非标注疏漏。
G2. 为什么只有 10× 一种倍率?
因为数据集的目标场景是低成本、可用于现场的显微镜,这类设备通常只有有限的物镜组合。固定 10× 与「low-cost」的定位一致,也与教学/筛查的常用倍率吻合。
G3. 图像是彩色的还是灰度的?
数据集采用标准图像格式(zip 内为常规图像文件)。低成本显微 + 低成本相机通常输出彩色图像,但具体是彩色还是灰度需下载后确认。本条目不对未核验的细节作断言。
G4. 可以用它做分割(segmentation)吗?
理论上可尝试,但本数据集以「检测 + 分类」为主要任务口径;是否提供像素级分割标注未确证。若要做分割,需自行从检测框派生弱标注或额外标注。
G5. 类别不平衡到了需要重采样的程度吗?
2.48 倍的比值属于轻度不平衡。通常不需要激进的重采样,但应在损失函数(如类别权重)或评估指标(macro-F1)层面处理。是否重采样应通过实验比较决定。
G6. 小样本场景,数据增强有用吗?
有用,但需谨慎:显微图像的几何增强(翻转、小角度旋转)通常安全;颜色抖动需考虑是否破坏虫卵的形态-色彩线索;过强增强在小样本上可能引入分布偏移。
G7. 能不能和 Chula-ParasiteEgg-11 合并训练?
技术上可行(同域),但必须注意:①两套的类别体系不同(4 vs 11),需建立类别映射;②两套的成像条件可能不同,合并会引入域混合;③合并后评估必须分别报告,不能混算。合并本身是一个研究课题,不是默认操作。
G8. 论文里可能有哪些数字不能直接引用?
任何单次实验的精确指标都无法跨设置直接复用。引用论文结论时应引用其定性结论(迁移学习有效、低成本成像有挑战),而非脱离上下文的数字。
G9. 这个数据集过时了吗?
没有。低成本显微筛查是一个长期需求,162 张专家标注的基准集在方法论验证上仍有价值。但若要在该领域做 SOTA 对比,应同时关注更大规模的相关数据集。
G10. 如果我要发表用它做的研究,需要注意什么?
至少做到:明确数据集版本与 DOI、说明划分与种子、报告 macro-F1 与混淆矩阵、声明 license 状态、不把它混同为 11 类数据集。详见 §10 与附录 AA。
事实清单(硬事实 36 条)
- 数据集官方名称:Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection。
- 本条目 slug:
chula-parasitic-egg。 - 主发布平台:Zenodo。
- Zenodo record id:10437395。
- 版本 DOI:10.5281/zenodo.10437395。
- 发布机构一:泰国朱拉隆功大学(Chulalongkorn University)。
- 发布机构二:英国布里斯托大学(University of Bristol)。
- 首发日期:2023-12-28(Version v1)。
- 图像总数:162 张。
- 类别数:4 类。
- 类别 1:Ascaris lumbricoides(蛔虫卵)67 张。
- 类别 2:Taenia spp.(带属绦虫卵)36 张。
- 类别 3:Fasciolopsis buski(布氏姜片吸虫卵)32 张。
- 类别 4:Hymenolepis diminuta(缩小膜壳绦虫卵)27 张。
- 张数自洽校验:67+27+32+36=162。
- 类别不平衡比:67/27 ≈ 2.48。
- 放大倍率:10×。
- 图像分辨率:640×480 像素。
- 成像设备类型:低成本显微镜 + 低成本相机/手机。
- 标注方式:领域专家人工标注。
- 标注面向:目标检测(bounding box)+ 分类。
- 归档文件名:
Chula_parasitic_egg_detection.zip。 - 归档大小:94.0 MB。
- 归档 md5:
a70ff3626a361f37108d74a75295c08a。 - 获取方式:Zenodo 公开直下,无申请门槛。
- 方法学论文预印本:arXiv:2107.00968。
- 预印本许可:CC BY 4.0。
- 期刊正式版:SN Computer Science 5(1):82, 2024。
- 期刊版 DOI:10.1007/s42979-023-02406-8。
- 姊妹综述:arXiv:2203.02940。
- 易混数据集:Chula-ParasiteEgg-11(11 类 / 13,750 张)。
- 易混数据集论文:arXiv:2208.06063 / DOI 10.1109/ICIP46576.2022.9897267。
- 易混数据集数据 DOI:10.21227/vyh8-4h71。
- 官方排行榜:无(可下载即用型资源集)。
- 数据集 license:待核(一手页面未渲染;论文 CC BY 4.0 不等于数据集许可)。
- 概念 DOI(待核):10.5281/zenodo.10437394。
术语表(28 条)
| 术语 | 英文/缩写 | 释义 |
|---|---|---|
| 寄生虫虫卵 | parasitic egg | 寄生蠕虫产出的卵,粪便/涂片镜检的主要识别对象 |
| 低成本显微镜 | low-cost microscope | 价格远低于研究级的简化光学显微镜,本数据集为 10× |
| 明场成像 | brightfield imaging | 最基础的透射光成像方式,对比度低 |
| 涂片 | smear | 将样本涂抹于载玻片制成的显微观察标本 |
| 显微图像 | microscopic image | 显微镜下拍摄的图像,本数据集为 640×480 |
| 目标检测 | object detection | 定位并识别图像中目标的框与类别 |
| 边界框 | bounding box | 圈定目标位置的最小矩形 |
| 细粒度分类 | fine-grained classification | 区分视觉上高度相似类别的分类任务 |
| 迁移学习 | transfer learning | 用大规模数据预训练模型迁移到小数据集微调 |
| 预训练主干 | backbone | 特征提取网络主体,如 CNN |
| 类别不平衡 | class imbalance | 各类样本数差异明显 |
| 宏平均 F1 | macro-F1 | 对每类 F1 取算术平均,不受类别频次主导 |
| 混淆矩阵 | confusion matrix | 展示各类预测与真实标签交叉分布的矩阵 |
| 交并比 | IoU | 预测框与真实框交集/并集之比 |
| 平均精度均值 | mAP | 各类平均精度的均值,检测常用指标 |
| 交叉验证 | cross-validation | 将数据多折轮换作验证以估计泛化 |
| 少样本学习 | few-shot learning | 用极少样本完成学习/适配 |
| 域适应 | domain adaptation | 缓解源域与目标域分布差异 |
| 朱拉隆功大学 | Chulalongkorn University | 泰国曼谷的国立研究型大学,本数据发布机构之一 |
| 布里斯托大学 | University of Bristol | 英国研究型大学,本数据合作机构 |
| 蛔虫 | Ascaris lumbricoides | 土源性肠道线虫,全球常见 |
| 带属绦虫 | Taenia spp. | 猪/牛带绦虫等,光镜下虫卵难细分 |
| 布氏姜片吸虫 | Fasciolopsis buski | 食源性肠道吸虫 |
| 缩小膜壳绦虫 | Hymenolepis diminuta | 鼠类绦虫,偶见人感染 |
| 被忽视热带病 | NTDs | 主要影响低收入地区的被忽视疾病群 |
| 即时检验 | point-of-care | 在采样现场即时完成检测 |
| Zenodo | Zenodo | CERN 运营的开放科研数据仓储,提供 DOI |
| 数据可及性 | accessibility | 数据是否可公开、无门槛获取 |
附录
附录 A 条目信息速查卡
| 项 | 值 |
|---|---|
| slug | chula-parasitic-egg |
| 官方名 | Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection |
| DOI | 10.5281/zenodo.10437395 |
| 平台 | Zenodo record 10437395 |
| 发布方 | Chulalongkorn University; University of Bristol |
| 首发 | 2023-12-28(v1) |
| 规模 | 162 张 / 4 类 |
| 成像 | 10× / 640×480 |
| 归档 | Chula_parasitic_egg_detection.zip(94.0 MB) |
| md5 | a70ff3626a361f37108d74a75295c08a |
| 论文 | arXiv:2107.00968;SN Comput Sci 5(1):82, 2024 |
| 主任务 | 检测 + 四分类 |
| license | 待核(论文 CC BY 4.0) |
附录 B DAIMS 评估全表
| 维度 | 评级 | 依据 |
|---|---|---|
| Discoverability | 高 | Zenodo 索引 + DOI |
| Accessibility | 高 | 公开直下无门槛 |
| Interoperability | 中 | 标准图像格式;标注格式未确证 |
| Metadata | 中偏上 | DOI/作者/描述齐;license 字段未渲染 |
| Sustainability | 高 | CERN 长期托管 + DOI |
附录 C 逐项证据链自证
| 结论 | 证据来源 |
|---|---|
| 数据集真实存在 | Zenodo 记录页 HTML + WebSearch 三源互证 |
| 162 张 / 4 类 | 记录页描述 + 类别张数自洽(67+27+32+36=162) |
| 10× / 640×480 | 记录页规格描述 |
| 论文归属 | arXiv:2107.00968 + DBLP 期刊卷期 + WebSearch |
| 非 Chula-ParasiteEgg-11 | 类别数与张数双重不匹配(11 vs 4;13750 vs 162) |
附录 D 数据获取决策树
需要虫卵显微检测数据
├─ 要竞赛型 / 大规模? → Chula-ParasiteEgg-11(11 类/13750 张,ICIP)
└─ 要低成本 / 小规模 / 专家标注?
├─ 肠道虫卵,四分类 → 本数据集(Zenodo 10437395)
└─ 血吸虫虫卵 → sth-schisto-eggs
附录 E 类别映射表
| 学名 | 中文名 | 张数 | 代码建议 |
|---|---|---|---|
| Ascaris lumbricoides | 蛔虫卵 | 67 | AL |
| Taenia spp. | 带属绦虫卵 | 36 | Tn |
| Fasciolopsis buski | 布氏姜片吸虫卵 | 32 | FB |
| Hymenolepis diminuta | 缩小膜壳绦虫卵 | 27 | HD |
附录 F 流水线骨架
下载 zip → 校验 md5 → 解压 → 确认标注格式
→ 划分 train/val/test(固定种子)
→ 预训练主干迁移 → 微调 → 评估(macro-F1 + 混淆矩阵 + mAP)
附录 G 算法骨架(伪代码)
# 迁移学习微调骨架(示意)
backbone = load_pretrained("imagenet")
model = Detector(backbone, num_classes=4)
for epoch in range(E):
for imgs, boxes, labels in train_loader:
loss = model.loss(imgs, boxes, labels)
loss.backward(); opt.step()
metrics = evaluate(model, test_loader) # macro-F1, mAP@0.5, confusion
附录 H 加载骨架(伪代码)
import os, glob
from PIL import Image
classes = ["AL", "Tn", "FB", "HD"] # 见附录 E
def load(root):
items = []
for ci, c in enumerate(classes):
for p in glob.glob(os.path.join(root, c, "*")):
items.append((Image.open(p), ci))
return items
附录 I 统计公式表
| 指标 | 公式 |
|---|---|
| 准确率 | (TP+TN)/(TP+TN+FP+FN) |
| 精确率 | TP/(TP+FP) |
| 召回率 | TP/(TP+FN) |
| F1 | 2PR/(P+R) |
| macro-F1 | (1/C)·Σ F1_i |
| IoU | area(∩)/area(∪) |
| mAP | (1/C)·Σ AP_i |
附录 J 数据总表
| 项 | 值 |
|---|---|
| 总数 | 162 |
| 类数 | 4 |
| 最大类 | AL 67 |
| 最小类 | HD 27 |
| 不平衡比 | 2.48 |
附录 K 类别分布图(文本示意)
AL |█████████████████████████████████ 67
Tn |██████████████████ 36
FB |████████████████ 32
HD |█████████████ 27
附录 L 校正建议
| 问题 | 建议 |
|---|---|
| license 未确证 | 到 Zenodo 页面确认后回填 |
| 标注格式未知 | 下载后先确认,再设计读取 |
| 概念 DOI 待核 | 确认后再用于跨版本引用 |
| rid 未定 | 发布后按 url_name 反查回填 |
附录 M 条目关系声明
| 关系 | 条目 |
|---|---|
| 同域(寄生虫镜检) | nih-malaria, sth-schisto-eggs |
| 同域(显微检测) | ai-tb-zn, deeputi, acevedo-blood |
| 细胞成像生态 | lightmycells2, human-cell-atlas, jump-cell-painting, cellxgene, single-cell-portal |
| 方法论 | microvqa |
附录 N 景观总表
| 数据集 | 类数 | 张数 | 平台 |
|---|---|---|---|
| 本数据集 | 4 | 162 | Zenodo |
| Chula-ParasiteEgg-11 | 11 | 13,750 | ICIP/Dataport |
| nih-malaria | — | — | 库内 |
| sth-schisto-eggs | — | — | 库内 |
附录 O 许可细读
| 对象 | 许可 | 强度 |
|---|---|---|
| 数据集本体 | 待核 | 一手未确证 |
| arXiv:2107.00968 | CC BY 4.0 | 明确 |
| SN Comput Sci 版 | 开放获取 | 明确 |
| Chula-ParasiteEgg-11 | 见其自身页面 | 不适用于本集 |
附录 P 复现核验邮件/询问模板
主题:Inquiry on license and annotation format — Zenodo record 10437395
正文:
1) 数据集本体采用的 Creative Commons 许可具体种类?
2) zip 内是否含独立 bounding box 标注文件(格式?)?
3) 采集样本来源与伦理/知情同意表述?
附录 Q 坑点档案(索引)
坑 1 混同 Chula-ParasiteEgg-11;坑 2 臆断 license;坑 3 忽略不平衡;坑 4 忽略小样本方差;坑 5 假设标注文件存在;坑 6 混淆概念/版本 DOI;坑 7 忽视低成本成像约束;坑 8 Zenodo API 403。详见 §10。
附录 R 检索决策树
关键词 "Chula parasitic egg"
├─ 命中 11 类/13750 → 那是 Chula-ParasiteEgg-11,回退
└─ 命中 4 类/162 或 DOI 10437395 → 本数据集
附录 S 双口径登记表
| 事项 | 口径 A | 口径 B | 处置 |
|---|---|---|---|
| license | 数据集=待核 | 论文=CC BY 4.0 | 并存照,不臆断 |
| 作者顺序 | Zenodo 列表 | 论文列表 | 以 Zenodo 为准,注差异 |
| 概念 DOI | 待核 10437394 | 版本 10437395 | 版本优先 |
附录 T 维护计划
| 动作 | 触发 | 责任 |
|---|---|---|
| 回填 license | Zenodo 页面确认 | 主会话 |
| 回填 rid | 姊妹条目发布 | 主会话(url_name 反查) |
| 标注格式补充 | 下载解压后 | 用户/编辑 |
附录 U 条件全表
| 维度 | 条件 |
|---|---|
| 成像 | 10×,明场,低成本 |
| 分辨率 | 640×480 |
| 样本量 | 162 |
| 类数 | 4 |
| 标注 | 专家,检测+分类 |
附录 V 模型登记表(建议记录项)
| 项 | 说明 |
|---|---|
| 主干 | 记录预训练来源 |
| 输入尺寸 | 记录缩放策略 |
| 增强 | 记录是否使用及种类 |
| 划分 | 记录种子与比例 |
| 指标 | macro-F1 / mAP / 混淆矩阵 |
附录 W 引文规范(BibTeX 骨架)
@dataset{chula_parasitic_egg_2023,
title = {Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection},
year = {2023},
doi = {10.5281/zenodo.10437395},
note = {Zenodo, v1, 2023-12-28}
}
@article{suwannaphong2024parasitic,
title = {Parasitic Egg Detection and Classification in Low-cost
Microscopic Images using Transfer Learning},
journal= {SN Computer Science},
volume = {5}, number = {1}, pages = {82}, year = {2024},
doi = {10.1007/s42979-023-02406-8}
}
附录 X 生产档案
| 项 | 值 |
|---|---|
| 代理名 | agent-d-chulaparas |
| 租约锁 | writing/chula-parasitic-egg/.lock(本代理创建) |
| 私有区 | .parts_agent-d-chulaparas_1791347597_319249 |
| FACTS | writing/chula-parasitic-egg/FACTS.md |
| 抓取时点 | 2026-10-07 |
附录 Y FAIR / AI-Ready 检查单
| 原则 | 状态 | 说明 |
|---|---|---|
| Findable | ✓ | DOI + Zenodo 索引 |
| Accessible | ✓ | 公开直下 |
| Interoperable | △ | 标注格式未确证 |
| Reusable | △ | license 待核 |
| AI-Ready | ✓ | 图像 + 标签,可直接训练 |
附录 Z 缩写速查
| 缩写 | 全称 |
|---|---|
| AL | Ascaris lumbricoides |
| Tn | Taenia spp. |
| FB | Fasciolopsis buski |
| HD | Hymenolepis diminuta |
| DOI | Digital Object Identifier |
| mAP | mean Average Precision |
| IoU | Intersection over Union |
| NTDs | Neglected Tropical Diseases |
附录 AA 研究检查清单
- [ ] 已确认引用的是 4 类 / 162 张这套(非 11 类那套)
- [ ] 已确认数据集 license(勿臆断 CC BY 4.0)
- [ ] 已校验 md5
- [ ] 已确认标注文件格式
- [ ] 已固定划分种子
- [ ] 已报告 macro-F1 与混淆矩阵
附录 AB 数据字典(建议字段)
| 字段 | 类型 | 说明 |
|---|---|---|
| image_id | string | 图像唯一标识 |
| file_name | string | 文件名 |
| class | enum | 类别 |
| boxes | list | 目标框(若提供) |
| magnification | number | 10 |
附录 AC 检索路径示范
| 目标 | 路径 |
|---|---|
| 找数据集 | Zenodo → 搜索 DOI 或「Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection」 |
| 找论文 | arXiv:2107.00968;期刊 DOI 10.1007/s42979-023-02406-8 |
| 找易混集 | ICIP 2022 Challenge;arXiv:2208.06063 |
| 找库内同域 | url_name: nih-malaria / sth-schisto-eggs / lightmycells2 |
附录 AD 版本与变更登记表
| 版本 | 日期 | DOI | 变更 | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| v1 | 2023-12-28 | 10.5281/zenodo.10437395 | 首次发布 | 本次核验版本 |
| concept | — | 10.5281/zenodo.10437394(待核) | — | 跨版本引用用 |
附录 AE 图像与标签对应示意
<数据集根>/
├── <类别目录或标签文件> # 组织形式待下载后确认
│ ├── 图像文件(640×480,10×)
│ └── 类别标签(AL / Tn / FB / HD)
└── 可能的标注文件(是否含 bounding box 待核)
附录 AF 评估报告模板
数据集: Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection (DOI 10.5281/zenodo.10437395)
划分: train/val/test = __/__/__ 种子: ____
主干: ______ 输入尺寸: ______ 增强: ______
指标:
macro-F1 = ____
mAP@0.5 = ____
各类召回 = AL __ / Tn __ / FB __ / HD __
混淆矩阵: (见附表)
低资源条件: 参数量 __ / 推理时延 __
声明: license 状态 = 待核;非 Chula-ParasiteEgg-11
附录 AG 常见误引与纠正表
| 常见误引 | 纠正 |
|---|---|
| 「Chula 数据集有 13,750 张」 | 那是 Chula-ParasiteEgg-11;本集 162 张 |
| 「Chula 数据集分 11 类」 | 那是挑战赛集;本集 4 类 |
| 「Chula 数据集是 CC BY 4.0」 | 论文是 CC BY 4.0;数据集 license 待核 |
| 「Chula 数据集是竞赛数据」 | 竞赛型是 11 类那套;本集无排行榜 |
附录 AH 一页速记
名称: Low-Cost Microscopic Images for Parasitic Egg Detection
slug: chula-parasitic-egg
DOI : 10.5281/zenodo.10437395 (Zenodo 10437395, 2023-12-28 v1)
规模: 162 张 / 4 类
类: AL 67 | Tn 36 | FB 32 | HD 27
成像: 10x / 640x480
归档: Chula_parasitic_egg_detection.zip (94.0 MB)
md5 : a70ff3626a361f37108d74a75295c08a
论文: arXiv:2107.00968 ; SN Comput Sci 5(1):82, 2024
任务: 检测 + 四分类(迁移学习)
榜单: 无
许可: 待核(论文 CC BY 4.0)
防混: 非 Chula-ParasiteEgg-11 (11 类/13750 张)
尾注
- 本条目所有硬数字(162、67/36/32/27、10×、640×480、94.0 MB、md5)均出自抓取时点(2026-10-07)核验的 Zenodo 记录页与论文,见
FACTS.md。 - 数据集本体 license 与标注文件格式为待核项,本条目不作臆断,读者使用前须自行确认。
- 「Chula-ParasiteEgg-11」为本条目显式区分的易混外部数据集,非库内条目。
- 互链 rid 为抓取时点记录值,发布后须按 DB
url_name反查校正,禁止按位置对齐。 - 本条目内容仅供科研、工程与教学参考,不构成任何医学诊断依据。
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