小鼠比目鱼肌慢性电刺激研究

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-14391

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过刺激小鼠后肢坐骨神经诱导收缩4小时，以探究肌肉表型转换模型中的急性肌肉基因激活情况。初始力产生（1.6 + 0.1克/克体重）在10分钟内下降了45%，并在实验剩余时间内保持不变。研究结束时，力恢复到初始水平。在EDL（趾长伸肌）中出现了即早期生长反应（FOS、JUN、ATF3、MAFK），而在比目鱼肌中则呈现相似但减弱的表现。转录谱显示，在EDL中快速纤维特异性mRNA（肌球蛋白重链2A、2B；肌钙蛋白T3、I；α-原肌球蛋白、m-肌酸激酶）减少，而慢速转录本（肌球蛋白重链慢速/1β、肌钙蛋白C、原肌球蛋白3γ）增加。对EDL的组织学分析显示，与对照组肌肉相比，刺激肌肉中糖原耗竭，但无炎症细胞浸润或肌纤维损伤。在EDL中，几种纤维类型特异性转录因子（EYA1、TEAD1、NFATc1和c4、PPARG、PPARGC1α和β、BHLHB2）增加，同时伴随着胚胎发生特征性的转录因子（KLF4、SOX17、TCF15、PKNOX1、ELAV）的增多。

在体外平行研究卫星细胞增殖过程中，尚未确立的体内卫星细胞标志物或激活基因（细胞周期蛋白A2、B2、C、E1、MyoD）在受刺激的肌肉中均未增加。这些数据表明，在刺激后4小时内，EDL中快速向慢速表型转换的开始，并未伴随卫星细胞募集或肌肉损伤，而是由来自驻留纤维肌核的表型特异性转录因子驱动，包括激活新生发育转录程序。成年雄性Swiss Webster小鼠（30-35克）被麻醉，双极电极植入坐骨神经附近，后肢固定。测定电压-力关系以建立超最大刺激条件，并测定长度-张力关系以设定静息长度。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。