ICH后小胶质细胞与单核细胞的单细胞转录特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE333172

标准获取流程：

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数据说明

在脑出血（ICH）中，中枢神经系统驻留的小胶质细胞和被募集的髓系细胞会聚集于血肿内，但这些细胞群体对损伤和修复的贡献一直存在争议。为更好地刻画髓系细胞随时间的变化，我们采用单细胞RNA测序技术，构建了来自10例ICH患者的血肿活体样本与外周血样本的独特配对数据集。本研究呈现了ICH髓系细胞群体的时间图谱，并识别出群体特异性的原位转录驱动因素。除了活化的不同小胶质细胞群体和TNF低表达小胶质细胞群体外，我们还在血肿中发现了一个独特且高度活化的CD14+单核细胞群体。通过将血肿相关单核细胞与血液及血肿中的共享群体进行比较的扰动分析，我们确定TNF信号是其活化的主要驱动因素。基于单细胞基础模型嵌入的定制时间轨迹分析显示，单核细胞中的这种TNF反应是短暂的，在出血后早期达到峰值，并在随后的48小时内逐渐减弱。

我们的分析进一步确定，一群短暂出现的高度活化小胶质细胞可能是ICH急性期TNF的来源。在我们及外部队列中，CD14+单核细胞中的急性TNF信号传导与更好的校正后结局相关。总体而言，我们的结果表明，短暂出现的活化小胶质细胞与独特的血肿相关单核细胞之间的急性TNF信号传导，可能对ICH后的恢复有益。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。