空间转录组学揭示新型微孔水凝胶对全层烧伤移植的影响 [nCounter]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318204

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数据说明

全层烧伤常因细胞外基质（ECM）重塑异常而导致瘢痕形成和长期功能障碍。尽管分层厚皮片移植（STSG）是临床标准，但并非总能完全恢复正常的皮肤结构。生物材料伤口基质可作为移植的补充，然而在STSG过程中，材料结构如何塑造空间分辨的细胞和转录程序仍知之甚少。我们利用GeoMx数字空间分析仪（GeoMx），在猪全层烧伤模型中比较了采用新型微孔退火颗粒（MAP）水凝胶、非微孔聚乙二醇（PEG）水凝胶辅助的STSG与单纯移植。分析聚焦于愈合早期（第7天）、中期（第14天）和晚期（第120天）的乳头层真皮。主成分分析、细胞解卷积和通路分析揭示了不同的愈合轨迹。

PEG处理的伤口表现出过度收缩，并伴有机械转导和肌成纤维细胞相关程序的强烈早期激活，而仅接受移植治疗的伤口则引发有限的转录反应，并趋向真皮萎缩。相比之下，MAP促进了收缩减少，同时伴随一种平衡的转录程序，其特征为适度的WNT和TGF-β信号传导以及生理性胶原组织的恢复。总之，这些发现支持MAP在严重烧伤后促进平衡的ECM重塑和减轻瘢痕形成方面的治疗潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。