单细胞RNA转录组显示IFITM1调控碱烧伤后角膜缘上皮干细胞活化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE277598

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为探究Ifitm1上调对于角膜损伤后干/早期TA细胞的扩增是否必需，野生型小鼠眼局部给予AAV-shRNA-Ifitm1或AAV空载体（对照）处理，随后进行角膜NaOH烧伤。AAV-shRNA-Ifitm1处理下调了小鼠角膜缘上皮中Ifitm1的表达。在角膜损伤后三天，从角膜/角膜缘组织中分离细胞进行scRNA-seq检测。scRNA-seq检测利用角膜缘上皮干/eTA细胞标志物Gpha2鉴定了干/早期TA细胞群。在AAV-EV处理的小鼠眼中，NaOH损伤较未损伤眼增加了干/eTA细胞数量。而在AAV-shRNA-Ifitm1处理的眼中，角膜损伤后干/eTA细胞群的这种扩增显著减少。这表明Ifitm1在角膜损伤后干/早期TA细胞扩增中发挥积极作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。