Dupuytren挛缩患者成纤维细胞差异表达基因数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE21221

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

杜普伊特伦挛缩（DC）是人类最常见的遗传性结缔组织疾病，据推测与掌腱膜异常伤口愈合有关。成纤维细胞和肌成纤维细胞被认为在DC的发生以及作为该疾病标志的纤维增殖和收缩中发挥重要作用。本研究比较了从DC患者和对照组分离的成纤维细胞的基因表达谱，试图鉴定其调控可能在杜普伊特伦患者掌腱膜内的成纤维细胞中发生显著改变的关键基因。从病变掌腱膜（DC）和正常掌腱膜（取自腕管松解术；每组6个样本）中分离的总RNA，使用两种不同的微阵列平台（GE CodeLink™和Illumina™）进行定量分析，以鉴定和验证差异表达基因。所获得的数据使用微阵列显著性分析（SAM）软件进行分析，通过该软件，我们分别在CodeLink™和Illumina™平台上鉴定出69个和40个差异调控的基因转录本。

CodeLink™平台鉴定出18个上调基因和51个下调基因。使用Illumina™平台，鉴定出40个下调基因，其中11个基因被两个平台共同鉴定。定量RT-PCR证实了三个高关注候选基因的下调，这些基因均为细胞外基质的组成部分：蛋白聚糖4（PRG4）、纤蛋白-1（FBLN-1）转录变体D以及XV型胶原α1链。总体而言，我们的研究鉴定出多种可能参与Dupuytren挛缩病理生理过程的候选基因，并最终可能作为替代疗法的有吸引力的分子靶点。Dupuytren挛缩，并最终可能作为替代疗法的有吸引力的分子靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。