缺血预处理对大鼠肠缺血再灌注损伤炎症相关基因表达的作用数据集
主题标签:肠缺血再灌注损伤、缺血预处理、炎症基因表达、大鼠模型、WGCNA、机器学习、线粒体相关基因。本站分类:损伤、中毒及外因

基本信息
资源简介
缺血预处理对大鼠肠缺血再灌注损伤炎症相关基因表达的作用数据集
该数据集英文名为 Data from: The role of ischemic preconditioning in gene expression related to inflammation in a rat model of intestinal ischemia-reperfusion injury,来源于 frontiersin.figshare.com,本站归类为“损伤、中毒及外因 / 其他”。其主题涉及肠缺血再灌注损伤、缺血预处理、炎症相关基因表达、大鼠模型,并结合 WGCNA 与机器学习方法关注线粒体相关基因的识别与验证。源站描述显示,该数据由 YiChen Hu、Jie Huang、XiaoLi Min、YuanPei Zhao、JiaHui Wang、HongYuan Liu、KaiWen Shi、WenLiang Li、WeiMing Li 于 2025 年发布,形式为 Table 8_Identification and validation of mitochondrial-related genes in intestinal ischemia-reperfusion injury based on WGCNA and machine learning.xls,DOI 为 http://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1691749.s008。整体上,这是一份围绕大鼠肠缺血再灌注损伤模型中缺血预处理与炎症基因表达关系、并涉及线粒体相关基因识别与验证的表格型研究数据。
【数据集背景】
肠缺血再灌注损伤是临床上值得关注的组织损伤情形,涉及血流中断后恢复灌注所引发的一系列病理过程。缺血预处理作为一种干预策略,被认为可能影响再灌注损伤后的基因表达,尤其是与炎症相关的基因活动。该数据集即围绕这一主题,在大鼠模型背景下,结合加权基因共表达网络分析(WGCNA)与机器学习方法,对线粒体相关基因进行识别与验证。其英文标题明确指向“缺血预处理在大鼠肠缺血再灌注损伤模型中与炎症相关基因表达的作用”,说明数据服务于探讨缺血预处理对炎症基因表达影响的研究目标。
【数据内容】
源站描述表明,该数据集的具体内容为一份 Excel 表格文件,文件名为 Table 8_Identification and validation of mitochondrial-related genes in intestinal ischemia-reperfusion injury based on WGCNA and machine learning.xls。从文件名可以了解,该表与基于 WGCNA 和机器学习识别并验证肠缺血再灌注损伤中线粒体相关基因的工作相关,属于该研究中的表格 8。数据主题标签涵盖肠缺血再灌注损伤、缺血预处理、炎症基因表达、大鼠模型、WGCNA、机器学习以及线粒体相关基因。除上述表格文件及其主题指向外,关于表格内具体字段、行数、基因数量、统计指标等细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 frontiersin.figshare.com,源站描述中列出的作者为 YiChen Hu、Jie Huang、XiaoLi Min、YuanPei Zhao、JiaHui Wang、HongYuan Liu、KaiWen Shi、WenLiang Li、WeiMing Li,发布年份为 2025 年。其 DOI 为 http://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1691749.s008,指向 Frontiers 系列期刊相关文章的补充材料。关于实验动物来源、样本采集流程、测序或检测平台、预处理具体方案等采集细节,源站未提供。
【适用场景】
基于主题标签与文件标题,该数据可用于围绕肠缺血再灌注损伤的机制研究场景,尤其是关注缺血预处理对炎症相关基因表达影响的分析工作;也可用于涉及 WGCNA 与机器学习方法识别线粒体相关基因的方法学参考或结果对照。本站分类将其归入“损伤、中毒及外因 / 其他”,提示其适用于损伤类主题的数据整理与检索。关于具体可复现的分析流程或验证实验设计,源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 .xls 表格形式提供,使用者可按照表格型研究补充材料的常规方式打开与查阅。由于源站未提供表格内部字段说明、变量定义或分析脚本,具体使用方式需结合其关联文章进行理解;源站未提供进一步的使用说明。
【质量与限制】
该数据集为研究论文的补充表格材料,其质量与适用范围受原始研究设计与源站描述所限。当前可确认的信息仅包括文件名、作者、年份、DOI 与主题标签,关于样本量、统计方法细节、数据完整性及潜在偏差等,源站未提供。使用者应注意该数据为表格 8 这一单份材料,不宜将其视为完整原始数据集的全部。
【引用与许可】
引用该数据集时,可参考源站描述中的作者信息与 2025 年发布年份,并使用 DOI http://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1691749.s008 进行定位。关于该数据集的具体许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取(Figshare)
- 源站标题:Table 8_Identification and validation of mitochondrial-related genes in intestinal ischemia-reperfusion injury based on WGCNA and machine learning.xls
- DOI:10.3389/fmolb.2025.1691749.s008
- 发布日期:2025-10-29
- 文件数:1 个
- 文件总体积:20.99 KB
- 源站页面:https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_8_Identification_and_validation_of_mitochondrial-related_genes_in_intestinal_ischemia-reperfusion_injury_based_on_WGCNA_and_machine_learning_xls/30476606
命令行下载
curl -L -o "Table 8_Identification and validation of mitochondrial-related genes in intestinal ischemia-reperfusion injury based on WGCNA and machine learning.xls" "https://ndownloader.figshare.com/files/59144180"
文件清单
Table 8_Identification and validation of mitochondrial-related genes in intestinal ischemia-reperfusion injury based on WGCNA and machine learning.xls(20.99 KB)
文件总体积 20.99 KB(源站 API 实测)。
数据说明
背景严重肠缺血再灌注(II/R)损伤是导致死亡和残疾的主要原因。根据早期研究,调节线粒体功能是改善II/R损伤的主要机制。为进一步推进分子诊断并发现可能的治疗靶点,寻找II/R损伤中线粒体的生物标志物至关重要。方法数据集GSE96733和GSE37013以及线粒体相关基因(MRGs)分别从基因表达综合数据库(GEO)和MitoCarta3.0获取。GSE96733进行了差异表达基因(DEGs)分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)模块筛选。为寻找表达不同的MRGs,我们取二者的交集(DEMRGs)并进行基因富集分析。采用机器学习方法、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析和分子复合体检测(MCODE)筛选核心基因。构建列线图用于诊断评估。
此外,通过免疫细胞浸润分析探讨了枢纽基因表达谱与免疫浸润格局之间的关系。通过数据集验证和qRT-PCR实验,在II/R损伤模型中进一步验证了枢纽基因的表达模式。该流程最终构建了基因相关的枢纽网络、DSigDB对潜在治疗化合物的预测,以及药物与重要靶蛋白结合亲和力的分子对接模拟。结果:在五个不同的DEMRGs中发现了枢纽基因:Pdk4、Yrdc、Bcl2l11、Bcl2a1d和Pmaip1。列线图模型有助于诊断。根据免疫细胞浸润研究,树突状细胞(DC)和M2巨噬细胞与5个枢纽基因密切相关。随后,调控网络显示枢纽基因与miRNA之间存在复杂的联系。此外,securinine和ABT-737被预期为II/R损伤的可能治疗药物。从独立数据集和qRT-PCR获得的四个枢纽基因(Pdk4、Yrdc、Bcl2l11和Pmaip1)的验证结果与t一致
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.3389/fmolb.2025.1691749.s008(source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_8_Identification_and_validation_of_mitochondrial-related_genes_in_intestinal_ischemia-reperfusion_injury_based_on_WGCNA_and_machine_learning_xls/30476606)。
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