系统方法鉴定HIPK2为肾小管间质纤维化的关键调控因子

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-35226

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用整合的计算/实验系统生物学方法，识别出调控HIV-1转基因小鼠（Tg26）肾脏基因表达变化的上游蛋白激酶，这些小鼠表现出显著的肾小管间质纤维化（TIF）和肾小球硬化（GS）。我们确定同源域相互作用蛋白激酶2（HIPK2）是TIF和GS的关键调节因子。在Tg26小鼠及多种肾脏疾病患者的肾脏中，HIPK2表达上调。HIV感染通过促进氧化应激增加HIPK2蛋白水平，进而抑制Siah1介导的HIPK2蛋白酶体降解。数据包含两组：野生型与Tg26小鼠的肾皮质，以及转染HIPK2、HIPK2-DN和野生型的HEK293细胞。Tg26 HIV小鼠模型与野生型小鼠肾皮质之间的基因表达比较。转染HIPK-DN、HIPK-KO及正常的293 HEK细胞之间的基因表达比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。