PRJNA748753：COVID-19患者尿液细胞单细胞RNA测序揭示AKI中细胞多样性差异

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA748753

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数据说明

背景：急性肾损伤（AKI）是SARS-CoV-2感染的常见后遗症，并导致COVID-19的严重性和死亡率增加。在此，我们验证了以下假设：COVID-19相关AKI引起的肾脏改变可在尿液收集的细胞中检测到。方法：我们对8例伴有（n=5）或不伴有AKI（n=3）的住院COVID-19患者以及4例非COVID-19 AKI患者（n=4）的尿液回收细胞进行了单细胞RNA测序（scRNAseq），以评估AKI期间细胞组成和基因表达的差异。结果：对30,076个细胞的分析揭示了多种细胞类型，其中大多数为肾脏细胞、尿路上皮细胞和免疫细胞。对AKI患者肾小管细胞的通路分析显示，与无AKI患者相比，与损伤相关通路相关的转录本富集。在回收的细胞类型中，ACE2和TMPRSS2在尿路上皮细胞中表达最高。值得注意的是，在一例患者中，我们在尿路上皮细胞中检测到了SARS-CoV-2病毒RNA。这些相同的细胞富集了与抗病毒和抗炎通路相关的转录本。

结论：我们成功对COVID-19住院患者的尿液沉渣进行了scRNAseq，以无创方式研究与AKI相关的细胞改变，并建立了一个包含受损和未受损肾细胞的数据集。此外，我们提供了SARS-CoV-2直接感染膀胱细胞的初步证据。尿液沉渣蕴含丰富信息，是研究肾脏疾病中病理生理学和细胞改变的有用资源。总体设计：对COVID-19患者尿液中所获细胞进行单细胞RNA测序。共有来自12名独立患者的12份样本，其中5例为COVID19伴AKI，3例为COVID19不伴AKI，4例为非COVID19 AKI。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。