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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB37165：人类肾脏的时空免疫分区

PRJEB37165 是一个聚焦人类肾脏时空免疫分区的研究数据集，来源于 ncbi.nlm.nih.gov，在本站归类于泌尿生殖系统疾病 / 其他。该数据集以单细胞 RNA 测序（scRNAseq）为核心手段，覆盖 40,268 个成熟肾脏细胞与 27,203 个胎儿肾脏细胞，用于解析人类肾脏在发育与成熟阶段的免疫拓扑结构。源站描述指出，组织驻留免疫细胞对器官稳态与防御具有重要作用，上皮细胞可直接参与这些功能，也可通过与免疫细胞的交互发挥作用；该研究正是围绕上皮区室与免疫区室之间的空间分布与信号交流展开，揭示了上皮免疫基因表达的分区模式、胎儿与成熟肾脏驻留免疫细胞的差异，以及上皮—免疫信号对巨噬细胞和中性粒细胞定位的调控。

【数据集背景】

组织驻留免疫细胞是维持器官稳态和抵御感染的重要细胞群体。上皮细胞不仅构成组织屏障，还可能直接贡献于免疫防御，或通过与免疫细胞的相互作用参与免疫功能的组织。人类肾脏在这一层面上的空间组织方式与发育时间特征尚需系统解析。该数据集对应的研究以人类肾脏为对象，旨在刻画其时空免疫拓扑，即免疫相关细胞与信号在肾脏不同区域、不同发育阶段的分布规律，并关注上皮区室与免疫区室之间的协同关系。

【数据内容】

该数据集的核心内容是单细胞 RNA 测序数据，包含 40,268 个成熟肾脏细胞和 27,203 个胎儿肾脏细胞。研究在 epithelial compartment（上皮区室）中观察到分区化的免疫基因表达模式，其中骨盆上皮的抗微生物肽表达出现在成熟肾脏中，而在胎儿肾脏中未观察到。组织驻留免疫细胞在胎儿和成熟肾脏中均存在，并在出生后获得感染防御能力。此外，上皮—免疫信号协调巨噬细胞和中性粒细胞向肾脏易感感染区域的定位。上述内容构成了该数据集在细胞组成、基因表达分区与细胞间信号层面的主要信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 PRJEB37165: Spatio-temporal immune zonation of the human kidney。样本材料为人类肾脏细胞，包括成熟肾脏细胞与胎儿肾脏细胞两类，采用 scRNAseq 技术获取单细胞转录组信息。源站描述未提供更具体的样本采集地点、时间范围、伦理审批信息及测序平台细节。

【适用场景】

基于其细胞类型与发育阶段的覆盖范围，该数据集适用于研究人类肾脏的免疫分区与发育相关免疫特征，例如比较胎儿与成熟肾脏中组织驻留免疫细胞的组成与功能差异、分析上皮区室中免疫基因表达的空间模式、探讨上皮—免疫信号对巨噬细胞和中性粒细胞定位的调控，以及围绕抗微生物肽表达在成熟与胎儿肾脏中的差异开展验证性分析。对于泌尿生殖系统疾病相关研究，该数据集可作为肾脏免疫微环境与感染防御机制的参考资源。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用流程、文件格式说明、数据处理步骤或分析工具建议。使用者需依据 ncbi.nlm.nih.gov 上该数据集对应页面的说明获取与使用数据。

【质量与限制】

源站描述未提供数据质量评估指标、批次信息、细胞质控标准或技术验证结果。该数据集聚焦人类肾脏的成熟与胎儿阶段，其结论与适用范围应结合源站描述所界定的研究设计理解；源站未提供其他物种、其他器官或疾病状态下的覆盖信息。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用时应遵循 ncbi.nlm.nih.gov 相关数据使用政策，并参考数据集页面给出的最新说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB37165

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB37165

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组织驻留免疫细胞对器官稳态和防御至关重要。上皮可直接参与这些功能，或通过与免疫细胞的交互作用参与。我们利用来自40，268个成熟肾脏细胞和27，203个胎儿肾脏细胞的scRNAseq数据集，解析了人肾脏的时空免疫拓扑结构。在上皮区室内存在免疫基因表达的分区模式，其中骨盆上皮抗微生物肽表达见于成熟肾脏而非胎儿肾脏。胎儿和成熟肾脏中均可见组织驻留免疫细胞，出生后获得感染防御能力。上皮-免疫信号传导协调巨噬细胞和中性粒细胞定位至肾脏易感感染区域。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别