基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

DSS诱导结肠炎及allopregnanolone治疗期间大鼠肠道微生物组鸟枪法宏基因组

PRJEB121293 是一个收录于 NCBI BioProject 的鸟枪法宏基因组数据集，全称为 Shotgun metagenomics of the rat gut microbiome during DSS-induced colitis and allopregnanolone treatment。该数据集聚焦大鼠肠道微生物组，样本覆盖 DSS 诱导结肠炎以及 allopregnanolone 治疗两种实验条件，可用于考察在这一疾病模型与药物干预背景下肠道微生物群落的结构与功能变化。源站标题为 DSS-ALLO Rat Metagenomics (ID 1534243) - BioProject - NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站将其归入“妊娠、分娩和产褥期 / 其他”分类，主题标签为 Other。整体而言，该数据集以宏基因组测序为手段，围绕大鼠肠道微生物组在特定病理与治疗条件下的表现提供生物数据记录。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集生物数据的集合，其数据可来自单一机构，也可来自一个联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型。PRJEB121293 即属于此类项目记录，其研究主题为大鼠肠道微生物组在 DSS 诱导结肠炎及 allopregnanolone 治疗条件下的鸟枪法宏基因组。源站标题中出现的“DSS-ALLO Rat Metagenomics”以及项目编号 1534243，进一步标识了该项目的具体对象。就本站分类而言，该数据集被置于“妊娠、分娩和产褥期 / 其他”之下，主题标签为 Other。

【数据内容】

该数据集的内容为鸟枪法宏基因组数据，研究对象为大鼠肠道微生物组。样本覆盖的条件包括 DSS 诱导结肠炎以及 allopregnanolone 治疗。鸟枪法宏基因组通常用于对样本中全部微生物遗传物质进行测序，从而支持对微生物群落组成与潜在功能的分析。就本数据集而言，其数据围绕大鼠肠道微生物组展开，并同时涉及疾病诱导与药物治疗两类实验条件。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量、分析流程或具体微生物分类与功能结果的更多细节。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 DSS-ALLO Rat Metagenomics (ID 1534243) - BioProject - NCBI。其英文名称为 PRJEB121293: Shotgun metagenomics of the rat gut microbiome during DSS-induced colitis and allopregnanolone treatment。作为 BioProject 记录，它汇集了与该项目相关的生物数据，并提供统一入口以链接该项目产生的多种数据类型。关于样本采集地点、采集时间、动物品系、饲养条件、DSS 给药方案、allopregnanolone 给药方案以及测序机构等具体信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与大鼠肠道微生物组相关的研究场景，尤其是涉及 DSS 诱导结肠炎模型以及 allopregnanolone 治疗的宏基因组分析。研究人员可将其用于考察疾病诱导与药物干预条件下肠道微生物群落的组成与功能变化，也可用于与其他肠道微生物组数据集进行比较或整合分析。由于本站将其归入“妊娠、分娩和产褥期 / 其他”分类，该数据集亦可能在该分类相关的数据检索与整理中被使用。但需注意，具体适用性取决于用户的研究问题与分析方法，源站未提供针对特定应用场景的验证或推荐。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject 的统一入口查找该项目所链接的多种数据类型。使用时应先访问来源站 ncbi.nlm.nih.gov，定位标题为 DSS-ALLO Rat Metagenomics (ID 1534243) - BioProject - NCBI 的记录，再根据项目所提供的链接获取相应数据。由于该数据集为鸟枪法宏基因组数据，常规使用方式包括下载测序数据后开展微生物群落组成分析、功能潜力分析或比较分析。关于具体的下载方式、文件格式、数据处理流程与分析工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其数据来自单一研究计划，并由单一机构或联合体产生。BioProject 记录的作用是提供统一入口以链接该项目产生的多种数据类型。就本数据集而言，其主题明确为大鼠肠道微生物组在 DSS 诱导结肠炎及 allopregnanolone 治疗条件下的鸟枪法宏基因组。然而，关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应、样本量以及统计功效等信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，用户需自行评估其数据质量与适用性。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 DSS-ALLO Rat Metagenomics (ID 1534243) - BioProject - NCBI，英文名称为 PRJEB121293: Shotgun metagenomics of the rat gut microbiome during DSS-induced colitis and allopregnanolone treatment。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制以及数据共享政策，源站未提供。用户在使用时应遵循来源站的相关规定，并自行确认适用的引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB121293

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB121293

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鸟枪法宏基因组数据集，表征大鼠复发性实验性结肠炎连续阶段中肠道微生物群落及其类固醇代谢功能潜力。在成年雄性Sprague-Dawley大鼠中，通过饮用水中两个周期的4%葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导复发性结肠炎，其间设有恢复期。比较了三组：溶媒对照组、DSS+溶媒组和DSS+别孕烯醇酮组（3 mg/kg，在恢复期和复发期每隔一天皮下注射）。在对应于急性炎症、恢复和复发的三个时间点收集粪便颗粒。使用ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit提取DNA，并在Illumina NovaSeq X Plus平台上测序（每个样本约3000万条双端读长）。对读长进行处理以进行分类学分析，并进行从头组装和分箱为宏基因组组装基因组，用于量化类固醇代谢基因的携带情况。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别