PRJDB44387:妊娠期寡乳酸暴露小鼠胎盘 RNA-seq 数据集

数据以 BioProject 形式组织,汇集与单一研究计划相关的多种生物数据类型,便于用户集中查找该项目的相关数据链接。可用于研究妊娠期寡乳酸暴露对小鼠胎盘转录组的影响,服务于妊娠、分娩和产褥期相关方向的分析

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基因组Other
PRJDB44387: Mouse Placental RNA-seq Dataset of Gestational Oligo-Lactic Acid Exposure (PRJCA055508)

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJDB44387:妊娠期寡乳酸暴露小鼠胎盘 RNA-seq 数据集

PRJDB44387(PRJCA055508)是一个以 BioProject 形式组织的小鼠胎盘 RNA-seq 数据集,主题为妊娠期寡乳酸暴露。该数据集汇集了与单一研究计划相关的多种生物数据类型,为用户提供集中查找该项目相关数据链接的入口。从研究定位看,它可用于探讨妊娠期寡乳酸暴露对小鼠胎盘转录组的影响,服务于妊娠、分娩和产褥期相关方向的分析。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,本站分类归入妊娠、分娩和产褥期 / 其他,主题标签为 Other。整体而言,该数据集以项目化方式整合转录组数据资源,便于研究者围绕特定暴露因素与胎盘基因表达之间的关系开展检索与再利用。

【数据集背景】

该数据集对应一个 BioProject 记录。BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物数据集合,其来源可以是单一机构,也可以是联合体。BioProject 记录的核心作用,是为用户提供一个统一位置,以查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。该数据集聚焦于小鼠胎盘 RNA-seq,研究背景涉及妊娠期寡乳酸暴露,属于妊娠、分娩和产褥期相关研究方向。源站标题显示为未识别状态(ID 1535701),表明该记录在源站以标识符形式存在,具体标题信息未在现有资料中明确给出。

【数据内容】

该数据集以 BioProject 形式组织,汇集与单一研究计划相关的多种生物数据类型。其核心内容为小鼠胎盘 RNA-seq 数据,研究主题为妊娠期寡乳酸暴露。RNA-seq 通常用于获取转录组层面的基因表达信息,因此该数据集可用于分析胎盘组织在特定暴露条件下的转录组变化。除 RNA-seq 这一数据类型外,源站未提供更细的数据内容描述,例如样本数量、测序平台、读长、表达矩阵或差异表达结果等均未说明。主题标签为 Other,本站分类为妊娠、分娩和产褥期 / 其他。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,以 BioProject 记录形式发布,标识为 PRJDB44387(PRJCA055508)。BioProject 记录本身不直接等同于某一类原始数据文件,而是作为项目入口,链接到该项目生成的多种数据类型。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供单一位置以查找与项目相关的数据链接。关于样本采集的具体方法、实验设计、动物品系、暴露剂量与时间窗口、测序建库流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究妊娠期寡乳酸暴露对小鼠胎盘转录组的影响,服务于妊娠、分娩和产褥期相关方向的分析。具体而言,适合关注胎盘基因表达变化、环境或代谢暴露对妊娠结局影响的研究者,作为转录组层面的数据资源进行检索与再利用。由于数据以 BioProject 形式组织,用户可借此定位同一研究计划下的多种数据类型,便于围绕该主题开展整合分析。其他潜在应用场景,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 ncbi.nlm.nih.gov 上的 BioProject 记录访问该数据集,利用 BioProject 提供的集中入口查找与该项目相关的数据链接。BioProject 的设计目的即在于让用户从一个位置找到项目产生的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或配套工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 记录形式存在,源站标题显示为未识别(ID 1535701),具体标题信息不明确。源站未提供样本量、测序深度、数据完整性、质控指标或批次信息等质量相关细节。由于缺乏这些信息,用户在使用前需自行评估数据适用性。此外,该记录为项目级入口,具体数据质量取决于项目内各数据类型的实际情况,源站未提供进一步说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式与许可条款。用户在使用时应参考 ncbi.nlm.nih.gov 上 BioProject 记录所附的相关说明,并遵循源站及项目方的要求。关于许可类型、使用限制或授权方式,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB44387

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

ICR孕鼠从妊娠第0天(GD0)至妊娠第18.5天(GD18.5)经口灌胃寡聚乳酸。于GD18.5收集胎盘组织进行RNA测序,以表征转录组改变。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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