IDR idr0147-kuo-kidney3d 肾脏三维成像数据集(experimentA)

图像数据资源:经策展的细胞/组织成像研究(OME/EMBL-EBI)。主题标签:泌尿生殖系统疾病、肾脏、三维成像、细胞组织成像、IDR、OME/EMBL-EBI

idr
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医学影像图像分割泌尿生殖系统疾病肾脏三维成像细胞组织成像IDROME/EMBL-EBI
IDR idr0147-kuo-kidney3d (experimentA)

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

IDR idr0147-kuo-kidney3d 肾脏三维成像数据集(experimentA)

IDR idr0147-kuo-kidney3d(experimentA)是图像数据资源(Image Data Resource,IDR)中一项经策展的细胞/组织成像研究,归属于泌尿生殖系统疾病分类下的“其他”类别。该数据集围绕肾脏的三维成像展开,共包含 3 幅图像,源站为 idr.openmicroscopy.org。作为 OME/EMBL-EBI 维护的成像数据资源的一部分,它延续了该平台对细胞与组织显微成像研究进行系统整理、规范描述与公开共享的定位,主题标签涵盖泌尿生殖系统疾病、肾脏、三维成像、细胞组织成像、IDR 以及 OME/EMBL-EBI。整体而言,这是一项体量精简、主题明确、以肾脏三维成像为特色的策展型图像数据集,适合作为相关影像分析流程的示例或验证素材。

【数据集背景】

该数据集来自 IDR 研究编号 idr0147-kuo-kidney3d,本次提供的是其中的 experimentA 实验部分。IDR 是面向细胞与组织成像研究的策展型数据资源,由 OME/EMBL-EBI 维护,其核心工作是对科研产生的显微成像数据进行整理、注释与公开托管,使图像数据能够像其他类型的生物数据一样被检索、复用和引用。idr0147-kuo-kidney3d 即在这一体系下收录的肾脏三维成像研究,本站将其归入泌尿生殖系统疾病分类下的“其他”类别。该数据集以图像为主要数据形态,而非序列或表格类数据,因此其价值主要体现在影像本身以及围绕影像的策展元数据上。

【数据内容】

该数据集包含 3 幅图像,主题为肾脏的三维成像。图像属于细胞/组织成像范畴,即以显微成像手段获取的细胞或组织层面的影像。三维成像意味着图像在空间上具有深度维度,而不仅是单层平面视野,这类数据通常用于观察组织结构在三维空间中的形态与分布。除图像数量与主题外,源站未提供关于图像尺寸、通道数、分辨率、体素大小、染色方式或样本具体类型等更细粒度的描述。数据集本身不包含除图像及策展记录之外的其他数据类型说明。

【采集与来源】

数据来源于 idr.openmicroscopy.org,即 IDR 的官方站点。源站将其描述为 IDR 研究 idr0147-kuo-kidney3d 的 experimentA 实验,图像数量为 3,并注明其为图像数据资源中经策展的细胞/组织成像研究(OME/EMBL-EBI)。关于具体的成像设备、物镜参数、采集软件、样本制备流程与实验条件,源站未提供。该数据集通过 IDR 平台对外发布,属于公开可访问的策展资源。

【适用场景】

基于其主题与形态,该数据集可用于肾脏三维成像相关的观察与展示,也可作为细胞/组织三维图像处理流程的示例数据,例如三维图像的可视化、分割、渲染等通用分析环节的演示与测试。由于体量仅为 3 幅图像,它更适合作为方法演示、流程验证或教学示例,而非用于统计意义上的大规模分析。此外,作为 IDR 策展研究的一部分,它也可用于了解该平台对肾脏成像研究的组织与描述方式。需要说明的是,源站未提供该数据集所对应的具体研究结论或分析目标,因此不宜将其用途延伸至清单之外的特定科学假设验证。

【使用方法】

使用者可通过 IDR 站点(idr.openmicroscopy.org)访问该研究,按研究编号 idr0147-kuo-kidney3d 与实验标识 experimentA 定位到对应图像。图像以 IDR 平台通用的成像数据形式提供,可借助支持该类格式的通用图像查看与处理工具进行浏览和分析。关于具体的下载方式、文件格式、访问权限设置与推荐分析软件,源站未提供进一步说明。

【质量与限制】

该数据集为经策展的成像研究,其元数据经过 IDR 体系的整理,这是其在可发现性与描述规范性方面的基础保障。但就本数据集而言,公开描述仅覆盖研究编号、实验标识、图像数量(3 幅)与主题标签,缺少样本、采集参数、图像技术指标等细节,这限制了对图像内容的深入理解与可重复性评估。图像数量较少,也不足以支撑需要大样本的对比或统计研究。上述未覆盖的信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 IDR(OME/EMBL-EBI),使用与引用时应遵循 IDR 平台的相关规定,并注明研究编号 idr0147-kuo-kidney3d 与实验 experimentA。关于具体的许可条款、引用格式与数据使用限制,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://idr.openmicroscopy.org/webclient?show=project-2701

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

IDR study idr0147-kuo-kidney3d. Experiment: experimentA. Images: 3. Image Data Resource: curated cell/tissue imaging study (OME/EMBL-EBI).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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