斑马鱼胚胎卵母细胞至早期原肠胚阶段mRNA高通量测序数据集（野生型AB系）
该数据集为野生型AB系斑马鱼从卵母细胞到早期原肠胚阶段多个发育时期的mRNA高通量测序数据，覆盖卵母细胞、1细胞、16/32细胞、128/256细胞、3.5hpf和5.3hpf共6个发育阶段
基本信息
资源简介
斑马鱼胚胎卵母细胞至早期原肠胚阶段mRNA高通量测序数据集（野生型AB系）
该数据集为野生型AB系斑马鱼早期胚胎发育过程的高通量mRNA测序数据，覆盖从卵母细胞到早期原肠胚的6个关键发育阶段，包括卵母细胞、1细胞、16/32细胞、128/256细胞、3.5hpf和5.3hpf。研究采用RNA深度测序技术，对各阶段混合胚胎样本构建测序文库，旨在解析早期发育过程中的转录组动态变化。数据可用于母源与合子转录本表达水平分析、表达模式聚类、新转录区域识别以及剪接变体研究，为发育生物学研究、基因发现和基因组注释提供参考资源。该数据集主题标签为Transcriptomics，来源于omicsdi.org，在本站归类于妊娠、分娩和产褥期/其他类别。
【数据集背景】
斑马鱼是研究脊椎动物早期胚胎发育的重要模式生物，其胚胎在体外发育、取材方便，且早期发育阶段划分清晰。卵母细胞经受精进入卵裂期，经历1细胞、16/32细胞、128/256细胞等阶段，随后进入囊胚与早期原肠胚阶段（如3.5hpf和5.3hpf）。在这一过程中，母源转录本的降解与合子基因组激活相继发生，转录组构成发生显著变化。为研究调控这些发育事件的机制，该数据集采用基于mRNA测序的方法，系统测定早期发育过程中的转录组动态，生成从卵母细胞到早期原肠胚共6个发育阶段的综合转录组图谱。
【数据内容】
该数据集包含6个发育阶段的mRNA高通量测序数据，阶段分别为卵母细胞、1细胞、16/32细胞、128/256细胞、3.5hpf和5.3hpf。每个样本取自所需阶段的混合胚胎，并构建一个RNA测序文库，因此每个阶段对应一个测序文库。数据内容涵盖母源与合子转录本的表达水平，并可按表达模式进行聚类分析。研究还识别出基因组未注释区域中的大量新转录区域，以及早期斑马鱼胚胎发育过程中频率估计为40%–75%的剪接变体。样本材料为野生型AB系斑马鱼胚胎。
【采集与来源】
数据来源于omicsdi.org。样本为野生型AB系斑马鱼的胚胎，按目标发育阶段收集并混合，随后提取RNA。每个选定阶段构建一个RNA测序文库，共选择6个阶段：母源阶段（卵母细胞）、1细胞、16/32细胞、128/256细胞、3.5hpf和5.3hpf。测序采用RNA深度测序技术，用于确定早期发育过程中的转录组动态。
【适用场景】
该数据集适用于发育生物学研究，特别是斑马鱼早期胚胎发育过程中转录组动态的分析；可用于研究母源与合子转录本的表达变化及表达模式聚类；可用于基因组未注释区域中新转录区域的发现；可用于早期胚胎发育中剪接变体的识别与频率评估；还可作为基因发现和基因组注释的资源。主题标签为Transcriptomics，表明其适用于转录组学相关分析。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-22830
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
基于mRNA测序的方法确定早期发育过程中转录组动态 为研究斑马鱼中调控这一发育事件的机制，我们应用RNA深度测序技术，生成了从卵母细胞到早期原肠胚形成共6个发育阶段的全面转录组图谱。我们测定了母源和合子转录本的表达水平，并依据表达模式对其进行了聚类。我们在基因组未注释区域中鉴定出大量新的转录区域，以及在早期斑马鱼胚胎发生过程中估计频率为40-75%的剪接变体。我们的数据为发育研究、基因发现和基因组注释提供了有用的资源。从所需阶段的混合胚胎中提取RNA，每个样本构建一个RNA测序文库。共选择6个阶段：母源期、1细胞期、16/32细胞期、128/256细胞期、3.5hpf和5.3hpf
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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