二倍体葡萄胎全基因组DNA甲基化分析（雄源或双亲来源）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE67412

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

仅有极少数研究探讨了不同类型葡萄胎（HM）的甲基化模式。雄核发育性葡萄胎（AnHM）的甲基化模式异常，原因是AnHM中的核基因组仅遗传自父亲。二倍体双亲性葡萄胎（BiHM）被认为显示出与AnHM相同的印记基因甲基化模式，且这些甲基化模式被怀疑是全基因组多个位点母源甲基化建立失败的结果。我们研究了AnHM、伴有11p15.5染色体缺失的BiHM样胎盘以及一名携带NLRP7突变女性的BiHM的甲基化模式，并将其与正常胎盘的甲基化模式进行了比较。采用下一代测序（NGS）技术——简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS），我们探究了32份样本的全基因组CpG甲基化情况，其中包括9份正常胎盘、20份雄核发育二倍体葡萄胎（AnHM）以及3份二倍体双亲性葡萄胎/葡萄胎样胎盘。

该数据集包含来自12个样本的RRBS数据，其中包括9个正常胎盘和3个二倍体双亲来源的HM/HM样胎盘。来自20个雄激素性二倍体HM（AnHMs）的RRBS数据已存放于GSE65881：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65881

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。