妊娠与非妊娠奶牛子宫内膜活检样本转录组谱
该数据集来自 NCBI，包含妊娠与非妊娠奶牛早期妊娠阶段子宫内膜活检样本的转录组表达谱数据，采用高通量测序进行表达谱分析
基本信息
资源简介
妊娠与非妊娠奶牛子宫内膜活检样本转录组谱
GSE65117 数据集来自 NCBI，题为“Transcriptome profile form endometrial biopsy samples of pregnant and non-pregnant cows”，即妊娠与非妊娠奶牛子宫内膜活检样本的转录组表达谱。该数据集聚焦早期妊娠阶段奶牛子宫的基因表达特征，采用高通量测序进行表达谱分析，旨在刻画妊娠（P）与非妊娠（NP）奶牛子宫内膜转录组谱的差异，并尝试界定一组可用于预测妊娠结局的潜在标记基因。数据集包含 1 个文件，样例文件为 GSE65117_series_matrix.txt.gz，作者为 Mario、Binelli，发布时间为 Jan 20 201，主题标签涉及 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL19671 与 9915，本站将其归入妊娠、分娩和产褥期 / 其他分类。
【数据集背景】
该数据集关注奶牛早期妊娠阶段的子宫转录组特征。源站描述指出，其研究目的是刻画妊娠（P）与非妊娠（NP）奶牛在早期妊娠期间的子宫内膜转录组谱，并尝试界定一组可用于预测妊娠结局的潜在标记基因。这一背景表明数据集服务于繁殖生物学中妊娠识别与妊娠结局预测相关的研究方向，以子宫内膜活检样本为分析对象，通过转录组层面的表达谱比较来寻找妊娠状态相关的分子特征。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE65117_series_matrix.txt.gz，格式为 GZIP 压缩包。内容为妊娠与非妊娠奶牛子宫内膜活检样本的转录组表达谱数据，采用高通量测序进行表达谱分析。主题标签中包含 GPL19671 与 9915，反映其与特定测序平台及相关标识的关联。除上述信息外，样本数量、具体基因数量、表达值范围等细节源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题为“Transcriptome profile form endometrial biopsy samples of pregnant and non-pregnant cows”。样本类型为奶牛子宫内膜活检样本，分组包括妊娠（P）与非妊娠（NP）两类。作者为 Mario、Binelli，发布时间为 Jan 20 201。除来源站与作者信息外，采样地点、采样时间、动物数量与饲养条件等源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于早期妊娠奶牛子宫内膜转录组比较分析，可用于探索妊娠与非妊娠状态之间的基因表达差异，并支持潜在妊娠结局预测标记基因的筛选研究。其高通量测序表达谱特征也适合用于转录组层面的差异表达分析、候选基因挖掘及相关生物信息学方法验证。由于本站分类归入妊娠、分娩和产褥期 / 其他，该数据亦可作为繁殖相关研究中的参考表达谱资源。具体分析结论与标记基因列表源站未提供。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE65117_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因字段解析或编码不一致导致的分析偏差。读取后可按妊娠与非妊娠分组整理表达谱数据，开展后续比较分析。关于具体分析流程、标准化方法与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
数据集仅包含 1 个文件，样例为系列矩阵文件，样本量、测序深度、表达值分布及质控指标等源站未提供。数据仅覆盖奶牛子宫内膜活检样本的转录组表达谱，结论外推到其他物种、其他组织或其他妊娠阶段需谨慎。源站描述中提出的标记基因仅为研究目的，未给出最终验证结果。使用时应注意文件格式为 GZIP 压缩包，需正确解压与解析。
【引用与许可】
作者为 Mario、Binelli，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，发布时间为 Jan 20 201。数据许可类型、使用条款及具体引用格式源站未提供。使用或再分发前应向源站核实许可与引用要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65117
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：表征妊娠（P）与非妊娠（NP）母牛在妊娠早期的子宫转录组图谱，并尝试确定一组可能有助于预测妊娠结局的潜在标记基因。方法：对肉牛进行同期发情处理，并在检测到发情后进行人工授精。人工授精后6天，采集颈静脉血样，并从与含黄体的卵巢对侧的子宫角进行活检。根据第30天的妊娠结局，将样本回顾性分配至以下组别：妊娠组和非妊娠组。两组在第6天的血浆孕酮浓度相似。子宫活检样本送至Illumina HiScanSQ平台进行RNA-Seq分析。结果：272,685,768条过滤后的reads被比对到Bos taurus参考基因组，并对14,654个基因进行了组间差异表达分析。转录组数据显示，比较NP与P子宫组织时，有216个基因存在差异表达（Padj≤0.1）。更具体地说，36个基因在P母牛中上调，180个基因在NP母牛中上调。
结论：本研究鉴定出一组独特的基因，这些基因在授精后第6天于子宫内表达，提示处于有利于妊娠成功的容受状态。此外，这些基因的表达可作为潜在标志物，用于有效预测妊娠成功。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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