唾液富脯氨酸蛋白作为慢性肾病非经典血清生物标志物 [scRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE344018

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数据说明

背景 唾液富脯氨酸蛋白（sPRPs）是唾液中的主要蛋白质。然而，其生理功能及在疾病中的失调机制，尤其是超出局部口腔环境的作用，仍 largely 未知。方法 我们利用小鼠和人类模型研究了sPRPs的潜在功能及其作为慢性肾脏病（CKD）生物标志物的潜力。在小鼠中，我们采用了单侧肾切除模型结合高磷饮食以及FGF23缺陷小鼠。通过单细胞RNA测序技术，我们在小鼠和人类唾液腺中鉴定了表达sPRPs的细胞类型。利用来自1,023名人类受试者的唾液和血清样本，评估了sPRPs作为CKD生物标志物的潜力。通过Olink和SomaScan蛋白质组学平台，分析了血清sPRPs、eGFR及ePTFp与血清蛋白质组之间的关联。结果 我们发现，在小鼠CKD模型中，高磷饮食上调了sPRP的表达，且这一过程受FGF23的正向调控。人类研究显示，sPRPs不仅存在于唾液中，也存在于血清中。此外，血清而非唾液中的sPRP水平与典型的CKD生物标志物eGFR和ePTFp相关。

重要的是，对人类血清蛋白质组的分析揭示了eGFR和ePTFp所捕获的CKD相关分子特征的共同与差异之处，其中血清sPRP主要代表共同特征。将这些血清sPRP相关蛋白质组特征与涵盖59种非CKD人类疾病的综合性血清生物标志物组合进行比较后发现，这些特征中有65.64%（1,685个中的1,106个）与59种非CKD疾病中的任何一种均无关联。总之，这些结果揭示了血清sPRP及其相关血清蛋白质组景观所反映的潜在CKD特异性全身机制。结论我们的结果表明，血清sPRP水平反映了eGFR和ePTFp通常捕获的全身机制，并表现出对CKD的特异性。总之，我们的发现证明了eGFR、ePTFp和血清的互补效用

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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