独立CRISPR编辑细胞系转录组揭示纤毛特异性ARL13B依赖变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE342252

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在此，我们构建了两个独立的Arl13bV358A/V358A肾上皮细胞系以及相匹配的挽救细胞系。通过对突变体-挽救配对进行RNA测序，我们鉴定出在缺乏纤毛ARL13B时特异性改变的基因表达程序。这种配对实验设计使我们能够区分与纤毛ARL13B缺失相关的可重复转录变化与克隆特异性或基因组编辑相关效应。我们鉴定出与纤毛生物学和肾脏表型相关的差异表达基因，为数据集的生物学相关性提供了支持，并为未来的机制研究奠定了基础。总体而言，这些发现揭示了单个纤毛蛋白的亚细胞定位如何影响纤毛与细胞核之间的通讯，并证明了配对突变体-挽救方法在研究区室特异性信号机制方面的价值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。