异步复制时序区域的发育组织 [scATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE311625

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

许多感觉系统利用等位基因排斥来最大化多样性。我们此前提出，等位基因的选择由其复制时间预先决定，在每个细胞中早期复制的等位基因优先于晚期复制的等位基因被选中。在该模型中，异步复制结构域（ASRTs）在发育早期即已建立，其中一些以母源等位基因早期复制，另一些则以父源等位基因早期复制。一种切换机制在每个复制周期中将每个基因座从母源早期转换为父源早期，反之亦然，推测这在整个机体中产生两种固定的细胞类型。本文中，我们利用配对ASRT-FISH证明该模型，显示每个基因组基因座以固定方式建立，呈平行或反平行取向。具有单亲染色体的细胞表明，整个这一过程是等位基因自主的。我们还利用转基因小鼠选择表达某一特定Igk等位基因的细胞，并显示其他平行（而非反平行）基因座从同一亲源等位基因表现出表达（RNA）和可及染色质结构（ATAC）。

最后，scATAC-seq和Hi-C技术证实，体内所有细胞均由两种对映异构群体构成：一种群体的ASRT基因座保持原始方向模式，另一种则为其镜像。这代表了一种全新的生物组织原理。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。