发育期与成年小鼠卵巢单细胞尺度空间转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307688

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

哺乳动物卵巢发育对女性生育能力至关重要，涉及多种细胞类型的复杂空间模式形成，以建立有限的卵泡储备。尽管单细胞转录组分析为驱动卵巢细胞特化和发育轨迹的机制提供了重要见解，但这些分析破坏了这一关键的空间背景。为克服这一局限性，我们使用10X Genomics Visium HD空间转录组学技术分析发育中的小鼠卵巢，同时保持其天然细胞架构。我们在八个关键的胎儿和出生后时间点捕获了所有卵巢细胞类型，生成了涵盖卵巢发育过程的接近单细胞分辨率的空间基因表达文库。这一综合数据集使得能够分析整个发育过程中与独特空间模式形成相关的动态转录特征，包括皮质和髓质的建立以及各区域卵泡的组装。

该数据集为研究驱动卵巢空间模式形成的调控机制提供了基础资源，并为探索女性生育力和生殖寿命的空间决定因素开辟了新途径。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。