利用人尿源性肾上皮细胞对NPHP1缺失进行深度表型分析并确定对新型疗法的个性化反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301183

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数据说明

肾单位肾痨（NPHP）是一种常染色体隐性遗传性肾小管间质性肾病，被归类为肾脏纤毛病，并被认为是儿童和年轻成人肾衰竭的主要遗传病因。NPHP1是最常见的遗传病因，编码nephrocystin-1蛋白，该蛋白在初级纤毛和细胞连接中发挥关键作用。在此，我们采用个性化医学方法和深度表型分析，从而能够探索机制通路并识别潜在的治疗策略。在一个我们于三名患病同胞中检测到纯合NPHP1全基因缺失的家系中，我们比较了肾脏活检组织与人尿液来源的肾上皮细胞（hURECs）。肾脏活检和hURECs均显示肾上皮细胞具有延长且扭曲的初级纤毛表型。对患者hURECs进行的批量RNA-seq揭示了NPHP1纯合缺失的疾病特征，包括EGFR信号传导的改变，以及细胞外基质相互作用和黏附连接的变化，这与nephrocystin-1作为黏附连接处衔接蛋白的最初描述相一致。

使用阿前列地尔（alprostadil，一种近期提出的NPHP治疗方法）处理患者来源的hURECs，可导致整体纤毛化率升高，但同时也使初级纤毛长度过度延长。相比之下，使用EGFR激酶抑制剂处理患者hURECs，则在表型上挽救了纤毛长度和迂曲度。在hUREC处理后，阿前列地尔未能完全恢复疾病相关的转录谱，而使用EGFR激酶抑制剂AG556处理则更完整地挽救了转录组疾病特征，这与观察到的表型挽救相一致。我们得出结论：患者来源的hURECs能够实现对肾单位肾痨（nephronophthisis）的深度表型分析，重现人类肾脏活检的发现，并可用于建立疾病通路特征和筛选候选药物分子，从而为d提供新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。