ANCA相关性血管炎肾脏免疫相关基因转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298999

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数据说明

引言。伴肾小球肾炎的ANCA相关性血管炎（AAV-GN）常进展为肾衰竭。然而，用于肾脏结局风险分层的工具仍然有限。现有方法未能充分捕捉肾损伤背后的分子复杂性，尽管其对于定制治疗管理具有潜在价值。我们探讨了肾脏转录组学能否识别与肾脏结局相关的分子特征。方法。我们纳入了来自两个多中心生物样本库的199例AAV-GN患者和23例对照。使用NanoString nCounter对肾脏活检样本进行 profiling，以评估750个免疫相关基因的表达。我们进行了差异基因表达分析、通路富集分析和免疫细胞浸润估计，以探索与肾功能和生存的关联。通过LASSO惩罚Cox回归开发了一个12基因预后特征，并与已建立的组织学分类（Berden分类、肾脏风险评分和ANCA肾脏风险评分）进行比较，并进行了稳健的内部验证。结果。

AAV-GN显示出广泛的免疫失调，与对照组相比有150个差异表达基因，突出表现为补体激活、免疫细胞募集与活化、TGFβ信号传导及免疫代谢通路。免疫细胞浸润的特征为巨噬细胞、树突状细胞、中性粒细胞及T细胞亚群增多，反映广泛的免疫激活。初始eGFR与319个基因的表达相关。一个12基因特征（CLU、C3、LTF、FLT1、PLCG2、FES、PRKCD、TXNIP、SLC7A5、PTEN、NRBF2、NFATC1）与肾脏生存的关联显著强于既有的组织学分类（校正p值 < 0.0001）。若干免疫通路（尤其是淋巴细胞运输）的高表达和低表达均与中间表达相比预后更好。结论。对AAV-GN肾活检的转录组分析确定了1

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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