良性前列腺增生单细胞转录谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE290213

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

良性前列腺增生（BPH）的特征是细胞过度增殖和炎症，影响大多数老年男性。开发BPH的新疗法需要更深入地了解BPH的潜在病理生理学和细胞组成。对15例接受钬激光前列腺剜除术治疗BPH患者的前列腺组织进行了单细胞RNA测序。对对齐的单细胞RNA测序数据进行聚类和差异表达分析，以注释所有细胞类型。分析了16,234个细胞，发现特定的基质、上皮和免疫亚群与炎症密切相关。鉴定出一个罕见的腔上皮亚群，伪时间分析表明该腔上皮亚群可能产生其他腔上皮细胞。使用源自上皮干细胞的基因集，我们发现该腔上皮亚群的干细胞特征评分显著高于所有其他上皮亚群，表明该亚群是一种腔上皮前体状态。利用CellPhoneDB探索了基质细胞、上皮细胞和免疫细胞之间的配体-受体相互作用。

已识别出祖细胞样腔面子群与成纤维细胞及巨噬细胞之间存在涉及MIF的显著相互作用，MIF是一种促炎细胞因子，可促进前列腺上皮细胞生长和炎症反应。我们的BPH单细胞图谱为研究炎症相关细胞亚群提供了路线图，并突出显示了一个祖细胞样腔面子群通过MIF与其他细胞群相互作用，这可能促成与BPH相关的炎症和细胞增殖表型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。