GSE289877：单细胞分辨率下的细胞损伤揭示疾病进展，bulk RNA-seq
该数据集来自 NCBI GEO，标题为单细胞分辨率下的细胞损伤揭示疾病进展的 bulk RNA-seq 部分，源站描述为对小鼠肾脏昼夜节律基因表达进行 bulk RNA-seq 分析
基本信息
资源简介
GSE289877：单细胞分辨率下的细胞损伤揭示疾病进展，bulk RNA-seq
GSE289877 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集，标题为“Single-Cell Resolution of Cellular Damage Illuminates Disease Progression, bulk RNA-seq”，在本站归入泌尿生殖系统疾病 / 其他类别。该数据集围绕小鼠肾脏的昼夜节律基因表达开展 bulk RNA-seq 实验，旨在从转录组层面观察肾脏细胞损伤与疾病进展相关的表达变化。数据集由 Tsimafei、Padvitski 提交，发布时间为 Feb 18 202，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、平台 GPL13112 与物种编号 10090。数据集仅包含 1 个文件，样例文件为 GSE289877_series_matrix.txt.gz，适合作为小鼠肾脏转录组表达研究的参考数据。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI GEO，源站标题强调“单细胞分辨率下的细胞损伤揭示疾病进展”，而实际实验类型为 bulk RNA-seq。源站描述指出，该 bulk RNA-seq 实验用于分析小鼠肾脏中的昼夜节律基因表达。昼夜节律是肾脏生理功能调控的重要维度，转录组层面的节律基因表达分析有助于理解肾脏在时间维度上的基因调控模式，并为细胞损伤与疾病进展研究提供表达谱基础。数据集在本站被归入泌尿生殖系统疾病 / 其他分类，说明其应用背景与泌尿生殖系统尤其是肾脏相关疾病研究存在关联。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE289877_series_matrix.txt.gz，属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件通常以矩阵形式组织样本与基因表达信息，便于后续读取和分析。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL13112 和 10090，分别对应高通量测序表达谱分析、芯片/测序平台标识以及小鼠物种标识。数据集标题中提及单细胞分辨率，但源站描述明确实验为 bulk RNA-seq，因此数据主体为 bulk 转录组表达谱。关于样本数量、基因数量、分组设计、具体节律基因列表等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来自 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI GEO 公共数据库收录的数据集。源站描述说明实验对象为小鼠肾脏，实验方法为 bulk RNA-seq，研究目的为分析昼夜节律基因表达。作者信息为 Tsimafei 与 Padvitski，发布时间为 Feb 18 202。平台标识 GPL13112 与物种编号 10090 一并列于主题标签中。关于样本采集时间点、实验处理条件、测序深度、建库策略等具体采集信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于小鼠肾脏转录组表达谱的参考分析，尤其适合关注昼夜节律基因表达的研究场景。由于标题涉及细胞损伤与疾病进展，也可作为肾脏损伤相关疾病机制研究的表达谱素材。高通量测序表达谱标签表明其适用于差异表达分析、节律模式探索以及与其他肾脏转录组数据的比较研究。数据集归入泌尿生殖系统疾病 / 其他类别，可供泌尿生殖系统疾病方向的生物信息学分析使用。关于具体疾病模型、临床转化用途等，源站未提供。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE289877_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。读取后可结合平台标识与物种信息进行基因注释映射，并依据样本分组开展表达谱分析。由于文件为系列矩阵形式，需注意其行列结构及注释信息。关于具体的分析流程参数、标准化方法等，源站未提供。
【质量与限制】
数据集仅包含 1 个文件，数据规模有限，使用前应核对文件完整性与字段一致性。标题提及单细胞分辨率，但源站描述为 bulk RNA-seq，二者在分辨率层面存在差异，使用时应以 bulk 表达谱的定位理解数据。数据集未提供样本量、重复数、测序质量指标等信息，质量评估需依据实际文件内容进行。关于批次效应、缺失值情况等，源站未提供。
【引用与许可】
数据集作者为 Tsimafei 与 Padvitski，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，发布时间为 Feb 18 202。使用时应遵循 NCBI GEO 的引用规范并注明数据集编号 GSE289877。关于具体的许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289877
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Bulk RNA-seq experiment was conducted to analyse circadian gene expression in murine kidneys
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
