GSE282344：流式细胞术定量尿肾上皮细胞特异性反映急性肾病肾小管损伤

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE282344

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数据说明

尽管肾小管损伤是驱动急性肾损伤（AKI）的主要机制之一，但临床医生用于精确监测肾小管上皮细胞（TEC）损伤的诊断手段仍然有限。在我们此前的工作中，我们利用单细胞测序鉴定出TEC亚群是AKI尿液特征的主要组成部分。本研究旨在将TEC确立为肾小管损伤的临床标志物。共分析了243例患者。为进行测序，我们收集了8例AKI和肾小球疾病患者的尿液样本。通过使用转录组与表位测序细胞索引技术（CITE-Seq）对尿液单细胞转录组与TEC表面蛋白进行联合分析，我们开发了一套流式细胞术方案，用于定量尿液中CD10/CD13+近端TEC和CD227/CD326+远端TEC。这些标志物组合在肾脏活检中得到确认。我们在四个队列共235例患者中验证了该方法，包括AKI患者（n=63）、SARS-CoV-2感染患者（n=47）、活动期及稳定缓解期的ANCA相关性血管炎（AAV）患者（n=110）以及健康对照（n=15）。

我们的研究结果表明，CD10/CD13和CD227/CD326分别足以识别近端和远端尿液TEC。在两个独立队列中，远端尿液TEC计数与基于KDIGO分期的AKI严重程度及急性eGFR下降相关，并能成功区分AKI与健康对照以及肾小球疾病。我们提出将尿液CD227/CD326+ TEC计数作为AKI中肾小管损伤的特异性、非侵入性标志物。我们的方案为尿液TEC的更深入表型分析提供了基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。