三维血管芯片模型研究Puumala正汉坦病毒致病机制

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE270172

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

普马拉正汉坦病毒（PUUV）感染人类可导致肾综合征出血热。内皮细胞（ECs）是主要感染靶细胞，血管通透性增加是发病机制的核心环节。既往大多数研究采用静态二维（2D）培养的内皮细胞，因缺乏流动剪切力且本身处于促炎状态，未能重现生理环境。本研究提出一种在三维血管芯片中培养原代人脐静脉内皮细胞的高通量方法，并在转录水平上比较了这些内皮细胞与静态二维培养内皮细胞的宿主反应。血管芯片中内皮细胞的表型更接近体内情况，表现为编码疾病严重程度和凝血功能障碍已知标志物的基因表达更为相似，包括IDO1、LGALS3BP、IL6和PLAT，且在PUUV感染背景下内皮-白细胞相互作用更为多样。在这些血管芯片中，PUUV感染并未直接增加血管通透性，但增加了单核细胞黏附。

该平台可用于研究其他内皮嗜性病毒的发病机制并评估可能的治疗手段，甚至可在高等级生物防护设施中进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。