GSE254974：双RNA-seq分析揭示鱼类病原体Piscirickettsia salmonis的生物学特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE254974

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鲑鱼立克次体是一种兼性胞内病原体，也是鲑鱼立克次体病的致病因子，该病是鲑科鱼类的一种全身性感染，对智利的鲑科鱼类养殖业影响巨大。入侵后，鲑鱼立克次体在巨噬细胞和单核细胞中活跃复制，其进入宿主细胞并在其中增殖的能力是致病所必需的。鲑鱼立克次体颠覆巨噬细胞功能的能力有助于细菌在宿主体内的存活和传播。在此，我们采用双RNA测序技术，以确定鲑鱼立克次体如何与受感染的宿主细胞——一种来自大西洋鲑头肾的巨噬细胞样细胞系，称为SHK1——同步重塑其基因表达。我们发现，SHK1细胞增加了溶酶体含量和活性以防御入侵细菌，而鲑鱼立克次体则上调了与毒力相关的基因功能，包括IV型分泌系统（T4SS）、铁获取、转运和外排系统。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。