人肾乳头单核图谱揭示结石病患者显著免疫损伤

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE231569

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肾结石病导致显著的发病率并增加医疗资源的使用。在本数据集中，我们对肾乳头样本应用了单核检测技术，以表征草酸钙（CaOx）结石病患者与健康受试者中的细胞和分子生态位。除了鉴定在乳头生理学中重要的细胞类型外，我们还表征了集合管细胞亚型以及一种在结石患者中更为常见的未分化上皮细胞类型。尽管肾结石病中矿物沉积具有局灶性特征，我们揭示了一种以免疫激活、氧化应激和细胞外基质重塑为特征的全局性损伤特征。我们还分别鉴定了MMP7和MMP9表达与结石病和矿物沉积的关联。MMP7和MMP9在CaOx结石病患者的尿液中显著升高，其水平与疾病活动度相关。我们的结果定义了人类肾乳头中促成结石介导损伤的空间分子景观和特定通路，并鉴定了相关的尿液生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。