人肾乳头空间转录组图谱揭示结石病显著免疫损伤

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE206306

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肾结石病导致显著的发病率并增加医疗资源的使用。结石病的发病机制尚未完全阐明，部分原因在于对人类肾乳头细胞和分子构成的表征不足及其随疾病变化的认识有限。在本研究中，我们利用单核RNA测序、空间转录组学以及高分辨率大规模多重3D成像和索引共检测（CODEX）成像技术，对健康状态和草酸钙结石病状态下的人类肾乳头进行了表征。我们定义并定位了富集于肾乳头的主细胞亚型以及免疫和基质细胞群体。我们进一步发现了肾乳头中未分化上皮细胞的信号特征，尤其是在肾结石病期间。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。