正常与急性主动脉夹层升主动脉单细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE189795

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数据说明

背景：急性胸主动脉夹层（ATAD）是一种致命性疾病，其特征为内膜撕裂及假腔形成，进而导致主动脉破裂。为更好地理解ATAD的潜在机制，我们分析了ATAD组与对照组之间不同细胞类型的特征，并预测了可能促进ATAD进展的不同细胞类型间的相互作用。方法：对5例ATAD患者和4例健康对照者进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）。细胞从升主动脉组织中消化获得，基于scRNA-seq数据鉴定了大多数细胞类型的亚群。通过生物信息学分析分析了各细胞类型的基因表达谱及ATAD组与对照组之间的相关变化。我们还预测了不同细胞类型间的潜在相互作用，并通过免疫组织化学（IHC）和免疫荧光（IF）验证了结果。结果：我们从人升主动脉中获得了8种细胞类型，重新聚类后鉴定出50个亚群，包括血管平滑肌细胞（VSMCs）、内皮细胞、成纤维细胞、中性粒细胞、单核细胞和巨噬细胞。

与对照组相比，ATAD组中合成型VSMCs、功能失调的中性粒细胞和单核细胞的比例更高。接下来，我们通过CytoTRACE预测了VSMCs、成纤维细胞和中性粒细胞的分化轨迹，然后鉴定了具有较高分化潜能的亚群。此外，我们通过加权基因共表达网络分析检测了VSMCs、成纤维细胞和中性粒细胞的核心基因。进一步分析显示，前列腺六次跨膜上皮抗原4金属还原酶（STEAP4）可能成为分离合成型VSMCs的新标志物，并经IHC和IF验证。我们还发现，合成型VSMCs来源的C-X-C基序趋化因子配体12（CXCL12）可能通过与C-X-C基序趋化因子受体4（CX

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。